はたらく細胞!!

ある日、体内の雑菌を駆除していた白血球（好中球）は、前後さかさまに帽子をかぶった血小板──うしろまえちゃんに出会う。強い血小板になるため、人知れずトレーニングするうしろまえちゃん。だが突如、地鳴りと共に、体内世界に激しい揺れが襲いかかり──舞台はあなたの体の中。体内細胞擬人化アニメ、待望の第二期、開幕！

外界からの使者、世界の終わり――。記憶細胞が見た夢をなぞるように、正体不明の敵が体内に現れる！記憶細胞は過去の記憶のみならず、ついに未来を予知できる能力までも……!?はたして記憶細胞の予知通りに、この世界は破滅に向かうのか!?

表皮付近で有害物質の反応あり！マニュアル通りにしっかり仕事をこなすマスト細胞だが、迷惑をこうむった細胞たちからはクレームの嵐。自暴自棄になって荒れるマスト細胞……。そんな中、血管を突き破ってきた何かに血球たちが吸い込まれる事件が発生して……！

体内で事件発生！免疫細胞が駆けつけて、ウイルス感染細胞をやっつける！そんないつもどおりの光景を、一般細胞は退屈そうに眺めていた。（俺も、一度でいいから誰かをカッコよく助けて、「助けてくれてありがとう」──なんて言われたりしてーよ）そんな一般細胞の目の前に、突如、謎の細菌が現れて……!?

乳酸菌を仲間のもとに届けるため、白血球（好中球）とともに腸に向かう一般細胞だが、その途中、一体の乳酸菌と離れ離れになってしまう。必死に乳酸菌を探す一般細胞……だがそこに、新たなるウイルス感染細胞が襲いかかる!!

ある細胞の抗原情報が流出した。NK細胞の言葉に、白血球（好中球）の表情が変わる。乳酸菌を仲間のもとに届ける旅は、やがて大腸にたどり着いた。悪玉菌の出す有毒ガスにより、荒れた腸内にて、一同はキラーＴ改め、メモリーＴ細胞に出会う。

最強の敵、再び──。遂に復活したがん細胞、そして悪玉菌に荒らされる腸内環境。体内を襲うかつてない危機。この体を守るため、白血球（好中球）たちは、世界の命運をかけた大血戦に臨む。

「やめるんだ、がん細胞──ッ!!!」世界を守るため、白血球（好中球）たちはがん細胞に立ち向かう。だが、がん細胞と戦う彼らの前に立ちはだかったのは、制御性Ｔ細胞だった!?その頃、決死の覚悟で乳酸菌を救った一般細胞にも悪玉菌の魔の手が迫り――!!果たして、この世界、そして細胞たちを待ち受ける運命は──！？