マギアレコード 魔法少女まどか☆マギカ外伝

宝崎市の中学生、環いろはは、魔法少女として魔女と戦う日々を過ごしている。しかしいろはは、魔法少女になった時の自分の願い事がなんだったのかを忘れてしまっていた。ある日、いろはは、交流のある魔法少女の黒江から『神浜に行けば、魔法少女は救われる』という噂を聞く。遭遇した魔女との戦いのなか、思いがけず神浜へとやってきたいろはだが……。

いろはの願いは、妹・ういの病気を治すことだった。自分の願いを思い出したいろはだが、いろはの周囲には、消えてしまった妹の存在した痕跡がまったく残っていない。妹の情報を求めて神浜市に向かったいろはは、魔女に襲われたところを、ももこ、レナ、かえでという３人組の魔法少女に助けられる。レナとかえでの学校で最近流行っている『絶交階段』の噂。ももこ達は、絶交階段の噂に魔女が関係しているのではないかと考え、調査…

レナは絶交階段にかえでの名前を書いてしまっていた。レナに謝ったかえでは、絶交階段の噂通りに、鎖のバケモノに連れ去られる。かえでを取り戻すため、ももこ達は、鎖のバケモノをおびき寄せる作戦に出る。ももこに協力を求められ、同行することになったやちよ。しかしやちよは、いろはを足手まといだと言い、鎖のバケモノとの戦いへ連れていくことに反対する。

妹、ういに関する手がかりを得るため、神浜市の噂を調べることにしたいろは。いろはは、みたまの紹介で、中華飯店『万々歳』の娘、鶴乃と出会う。鶴乃は噂に関することならと、ある人物へ協力を依頼するが、待ち合わせに現れた助っ人はやちよだった。やちよは神浜市の噂に詳しいのだという。３人は『口寄せ神社』があやしいのではないかと睨むが……。

口寄せ神社の絵馬に、いろはは妹・ういの名前を、やちよはかつての親友・みふゆの名前を書いた。噂通りにういとみふゆが現れるが、二人はいびつな偽物だった。いろはとやちよは、偽物のみふゆ、そして口寄せ神社の主である馬のバケモノに襲われ、絶体絶命の窮地に陥る。ソウルジェムが濁り意識が遠のく中、いろはに起こった変容とは……。

神浜市工匠区に迷い込んだいろは。街頭で、幸運を呼び込む『フクロウ幸運水』を勧められ、思わず口にしてしまう。同じくフクロウ幸運水を飲んだフェリシアという魔法少女。二人は行く先々で、奇妙なほどラッキーな出来事にばかり遭遇する。報酬で動く傭兵を稼業にしているというフェリシアは、妹・ういを探すいろはの専属になることを買って出るが…。

噂の影に見え隠れする組織、『マギウスの翼』に勧誘されたフェリシア。フェリシアは、いろは達を裏切り、マギウスの翼側につく。同じく杏子も、勧誘に応じマギウスの翼にいた。一方、フェリシアの足取りを頼りに、マギウスの翼が潜む地下水路へと足を踏み入れるいろは達。フクロウ幸運水のカウントダウンがゼロになった時、幸運の見返りにとてつもない不幸に襲われるというが……。

みかづき荘に引っ越ししてきたいろはは、神浜市立大附属学校に転校することになる。だが、一緒の学校に通うかえでとは、連絡が取れない状況が続いている。まだ新しい学校に馴染めないいろはは、クラスで孤立気味のレナと屋上でお弁当を食べることになる。噂の情報を集めるいろはに、レナが聞かせた噂は、『透明人間』の噂と『ひとりぼっちの最果て』の噂。一方いろはは鶴乃からも、万々歳の常連客から聞いたという、『電波少女』…

すべての噂はつながっている。そう確信したいろはは、届き続ける迷惑メールに返信してみることにする。迷惑メールの送り主はアイと名乗り、自分を消すため、いろはに『ひとりぼっちの最果て』まで来てほしいと言う。一方、『ひとりぼっちの最果て』に監禁された少女、二葉さなは、『ひとりぼっちの最果て』での暮らしに満足していた。

さなを解放するため、自ら消えることを選んだアイ。『ひとりぼっちの最果て』を壊されたことでアリナは激怒し、いろは達を無差別に攻撃し始める。マギウスはウワサ空間を、魔女を飼うことに利用していたのだった。苦戦するいろは達。その前に現れたマミとみふゆが、暴走するアリナを止めに入る。

マギウスの翼であることを隠し、水名女学園での生活を送る月夜の元に、いろはが訪ねてくる。いろはは、マギウスにいるという妹・ういの友達、柊ねむに会わせてほしいと月夜に頼みこむ。みふゆに相談することを約束する月夜。一方、みかづき荘での生活に慣れてきたさなは、やちよへのサプライズプレゼントを提案するが……。

ふさぎ込んでしまったやちよを置いて、記憶ミュージアムに向かったいろは達。いろは達を待ち受けていたのは、妹・ういの友達、里見灯花だった。灯花はいろは達に、魔法少女の真実に関する講義を始める。一方、過去の記憶に背中を押され、いろはを追いかけることを決めるやちよ。だが、その頃いろはは、マギウスの用意した追体験学習を受けていた。

マギウスの翼への誘いを断ったいろはは、やちよと合流して、連れ去られた鶴乃達を探そうとする。だが、自分の願いが周囲を不幸にしているのだと思い込んだやちよは、いろはにチームは解散だと告げる。崩落する記憶ミュージアム。脱出しようとするいろはとやちよに、変わり果てたマミが襲いかかる。