機動戦士ガンダムSEED HDリマスター

中立コロニーヘリオポリス。ここでの地球連合軍機動兵器開発の情報を得て、ザフト軍が兵器奪取に侵攻を開始する。平和なコロニーが一瞬にして戦場と化した。ストライクが襲撃されるその瞬間に居合わせた少年がいた。キラはそこで、ザフトのパイロットアスランと邂逅する……！

ザフト急襲の炎の中、ストライクが起動した。未完成のOSで不安定なまま、ジンの攻撃を受けるストライクだったが、操縦を変わったキラは攻撃をかわしつつ、OSの書き換えを行うという神業を披露。からくもこれを撃退する。一方アークエンジェルは乗組員が全滅していた。

ヘリオポリス内に入ったアークエンジェルはクルーゼのシグーと戦闘を繰り広げるが、コロニーシャフトに傷を負わせてしまう。再度侵攻するザフト軍。爆装したジンに囲まれ、反撃の間もないアークエンジェル。徐々にコロニーは破壊されていき、ヘリオポリスが崩壊を始める……。

ストライクが救助した脱出ポッドには、キラが想いを寄せる少女、フレイが乗っていた。一方、アークエンジェルは友軍の軍事要塞アルテミスへの隠密航路をとることになる。しかしその動きは、すでにクルーゼに察知されていた。起死回生をかけ、フラガのゼロが出撃する……！

仲間を守りたい。その思いだけで出撃するキラは、4機のGに囲まれ消耗し、エネルギーを使い果たしてしまう。ムウはヴェサリウスへの奇襲攻撃を成功させるが、ストライクはフェイズシフトダウン。デュエルのビームサーベルが迫るその瞬間、イージスがストライクを捕獲した！

ユーラシアの軍事要塞アルテミスに寄港したアークエンジェルだったが、その力を欲する基地司令らに謀られ、拘束されてしまう。一方、追撃するガモフは、ニコルのブリッツによりアルテミスに奇襲をかける。ミラージュコロイドを展開したニコルは容易に要塞に取り付くが……。

査問会への出席を命じられ、ヴェサリウスはプラントに帰還した。国防委員長である父の主戦論に、アスランは一抹の不安を感じる。一方、補給が受けられなかったアークエンジェルはムウの提案でデブリ帯に向かうが、そこには破壊されたユニウスセブンの残骸が漂っていた。

デブリ帯で水の補給を終えたアークエンジェルは、プラントの歌姫、ラクスを救助する。艦内では、コーディネイターの能力について意識的、無意識的な様々なわだかまりが生まれつつあった。一方、休暇中のアスランは消息不明となったラクスの捜索任務を与えられ、再び出撃する。

フレイの父が同乗する第8艦隊の先遣隊と接触を目前にしたアークエンジェルに、束の間の安堵の空気が流れた。しかしそこへクルーゼ隊が急襲をかけ、状況は一変する。為す術なく駆逐されてゆく先遣隊にキラのストライクも救援に向かうが、アスランのイージスが立ちはだかった。

ラクスを人質に当面の戦闘を回避したアークエンジェル。キラはフレイに、父を守れなかったことを非難され落ち込む。キラがコーディネイターであるということが、いっそう2人の溝を深くしていた。そしてキラは胸の内をラクスに打ち明け、彼女を逃すため単身出撃しようとする。

アスランがキラの友人であるということを知ってしまうフレイ。父を守ると言って果たせなかったキラに対して、邪悪な感情が芽生え始める。一方、第8艦隊合流を目前にしたアークエンジェルに、イザークらの3機のGが襲いかかった。絶体絶命のそのとき、キラに異変が起きる。

ハルバートン率いる第8艦隊に合流したアークエンジェル。ヘリオポリスの学生達には除隊許可証が手渡され、ようやく安堵の表情が。しかしフレイは父を殺されたことを理由に軍に志願し、トールたちも結局軍に残ることになった。ザフト軍が迫る中、キラの選んだ道とは……。

アークエンジェルの地球降下が始まった。猛追するクルーゼ隊と戦端を開く第8艦隊だが、智将ハルバートンと言えども、彼我の戦力差は如何ともしがたかった。地球降下を援護するため、キラもストライクで出撃する。大気圏ぎりぎりでの戦闘は、最悪の展開を用意していた……。

クルーゼ隊の決死の追撃を振り切り、第8艦隊を犠牲にして地球に降下したアークエンジェル。ストライクに搭乗したまま大気圏に突入したキラは、熱を出して倒れてしまう。少女の残した折り紙の花に、守れなかった悔しさの嗚咽を漏らすキラに、フレイが妖しく微笑みかける。

ザフト勢力圏内の砂漠に降下したアークエンジェルに、砂漠の虎の異名を持つ猛将バルトフェルドが襲いかかった。キラは｢もう誰も死なせない｣と意気込んで出撃するが、慣れない重力と砂漠に満足な戦闘を行えない。戦闘中、瞬時にそれらを修正したキラの反撃が始まるが……。

ストライクの危機を救ったのは、ヘリオポリスで出会った少女・カガリだった。明けの砂漠は砂漠の虎に対してレジスタンスを展開しており、アークエンジェルに協力することになる。その夜、彼らの拠点タッシルが業火に包まれた。砂漠の虎が報復の牙を剥いたのだ。

タッシルに対して報復攻撃を敢行した砂漠の虎。死者は出なかったものの街と食料・弾薬を焼かれ、苛立つ男たち。一矢報いようと追いすがるが、バクゥの前に為す術なく倒れてゆく。｢気持ちだけで何が守れるっていうんだ｣救援に駆けつけたキラの掌がカガリの頬を打った。

武器弾薬、生活物資の補給のために、キラはカガリと共にバナディーヤの街に出た。買い物の後、ドネル・ケバブにありついた2人は、ソースの味で不審な男ともめる。彼こそが敵将、バルトフェルドだった。彼は問う。戦争とは何か？｢キミも死んだ方がマシなクチかね？｣

休暇のため帰還したアスランは、婚約者のラクスの元を訪ねる。キラの話題で辛そうな表情を見せるアスランに、ラクスはアークエンジェルでのことを話して聞かせる。穏やかな時間が流れる中、ザラはオペレーション・スピットブレイクを議会に持ち込み、全面戦争の気運を高まらせていた。

紅海へと抜けるため、砂漠の虎に戦いを仕掛けるアークエンジェル。機動力を持ってバクゥを圧倒するキラのストライクだが、ラゴゥで襲いかかるバルトフェルドに苦戦を強いられる。そんな中、窮地に陥るアークエンジェルを救うため、カガリがスカイグラスパー2号機で出撃した。

多くの犠牲と引き替えに、明けの砂漠は勝利した。彼らと別れたアークエンジェルは紅海からインド洋を抜け、太平洋へと向かう航路をとる。一時の休息に穏やかな空気が流れるが、キラの苦悩は消えなかった。そんなキラをカガリは｢大丈夫だから……｣と優しく抱きしめる。

大規模作戦に参戦するためにアスランらも地球に降下、ジブラルタルでアスランを隊長とする、アークエンジェル追撃部隊が結成されることになる。一方、アークエンジェルは襲いくるモラシム隊に苦戦。撃退するもカガリのスカイグラスパーが被弾し、行方不明になってしまう。

漂着した無人島で対峙するカガリとアスラン。小競り合いの後、2人は救援を待つために一夜を共に明かすことになる。地球軍とザフト軍の戦争に対し、互いの言い分をぶつけ合う2人。やがて疲れて寝てしまったアスランから銃を奪ったカガリだったが……。

中立国オーブの近海で戦闘を繰り広げるアークエンジェルとザラ隊。激しい戦闘で次第に追いつめられるアークエンジェルに、領海侵犯でオーブ軍から警告が発せられる。カガリの説得がむなしく響く中、遂にアークエンジェルはエンジンに被弾、操舵不能で領海に入り込んでしまう。

オーブの秘密ドックでアークエンジェルの修理が進む中、オーブの技術主任エリカは、ストライクの戦闘記録を分析する。モルゲンレーテに連れてこられたキラは、MS｢M1アストレイ｣のサポートOSの開発を要求される。カガリはオーブの態度に苛立ちをぶつけるが……。

マリューの計らいにより、ミリアリアらは両親と面会することができた。無事を確認しあう親子たち。面会者のいないフレイはキラの部屋を訪れるが、キラの優しさに戸惑い、怒りをぶつけてしまう。その頃、オーブに潜入したアスランたちはモルゲンレーテの様子を伺っていた。

修理と補給が終わったアークエンジェルは、オーブから出航した。動向を探っていたアスランらはオーブ領海を出たところで攻撃を開始。キラ、ムウに続き、トールも出撃する。敵味方入り乱れる激戦の中、イージスとストライクの戦いは熾烈を極め、やがてひとつの悲劇を招く……。

ニコルを失い、自分がキラと本気で戦えていなかったことを悔やむアスラン。次こそはこの手で必ず……とキラを討つことを決意する。再び開かれるザラ隊とアークエンジェルとの戦い。迎え撃つキラのストライクとイージスの戦いはさらに激化し、そしてついに決着の刻がきた……！

トール、キラともに交信が途絶し、アークエンジェル艦内は騒然とする。満身創痍の彼らに容赦なく迫る新たな敵影。マリューはオーブに救援信号を発し、戦闘空域を離脱した。捜索に来たオーブ救助部隊は、無惨に破壊されたストライクの近くに、ザフト兵の姿を発見するが……。

ようやくアラスカに辿り着いたアークエンジェルだったが、クルーに喜びの色はなかった。ザフトのカーペンタリア基地では、アスランがクルーゼ隊からの転属命令を受ける。そんな中、キラはプラントのクライン邸で目を覚ます。彼に優しく微笑みかけたのは、あのラクスだった。

トールを失ったミリアリアは、捕虜のディアッカに襲いかかる。しかし｢コーディネイターなんか死んじゃえばいい｣と叫ぶフレイの銃口から彼を庇ったのも、ミリアリアだった。一方、マリューはサザーランド大佐の査問で、キラにストライクを任せていたことを厳しく叱責される。

ナタル、ムウ、フレイに転属命令が下され、クルーの間に動揺が広がる。そんな中、続々と集結を完了するザフト軍は、戦争早期終結のための｢オペレーション・スピットブレイク｣を発動。アラスカ基地への総攻撃が始まった。キラは仲間を守るために、地球へ戻ることを決意する。

攻め寄せるザフト軍に苦戦する連合軍。しかし首脳部と主力は既にアラスカ基地を脱出していた。基地が意図的に放棄されたことを知ったムウは、戦闘機に乗り込みアークエンジェルに急を告げる。アークエンジェルの絶体絶命の瞬間、見たことのないガンダムが翼を広げ舞い降りた！

｢サイクロプス｣の起動により攻撃軍の8割を失い、オペレーション・スピットブレイクは失敗した。混乱するザフト国防委員会。アスランはフリーダム奪取にラクスが荷担していたことを知らされる。一方アラスカでは、キラがアークエンジェルのクルーたちと喜びの再会を果たす。

アラスカを脱したアークエンジェルは、オーブに匿われた。ウズミは彼らを受け入れ、｢着ている軍服の意味を考えてみろ｣と再度、この戦争の意味を考えるように言い渡す。一方ザフト残存兵力は、アラスカの弔い合戦とばかりに、連合軍パナマ基地侵攻を開始した……！

EMP兵器によりマス・ドライバーを破壊された連合軍は、オーブのそれを狙う。その背後にはブルーコスモス総帥アズラエルの姿があった。オーブを護るため戦う決意をしたマリューは、アークエンジェルのクルーに、共に戦うか退艦かの選択を呼びかける。そして戦端が開かれた！！

連合軍の3機のGの驚異的な力に苦戦するキラのフリーダム。彼の窮地を救ったのはアスランのジャスティスだった。見事な連係攻撃で圧倒する2人。3機は撤退し戦闘は中断するが、対峙し続けるキラとアスラン。様々な想いを胸にキラが呟く。｢僕たちも、また戦うのかな……｣

再度攻撃を開始する連合軍。勝ち目のない戦いに身を投じるキラは｢信じるもののためには戦わなきゃ｣と告げる。アスランとディアッカも、共に戦うことを決意するのだった。圧倒的戦力の前に陥落寸前まで追い込まれたオーブは、意思を未来につなぐために、脱出作戦を敢行する！

宇宙にあがったアークエンジェルとクサナギは、当面の拠点として、開戦当初に破壊され放棄されたL4コロニー群へと向かう。父を失った悲しみにうちひしがれるカガリは、父から打ち明けられた事実に戸惑っていた。手渡された写真と共に、そのことをキラに告げるのだが……。

父の真意を確かめるべく、アスランは単身プラントへと帰還する。一方、潜伏を続けるラクスは決戦の気運の高まりを感じ、行動を起こすことを決意した。父と対峙したアスランはこの戦いの真意を問いただすが、｢ナチュラルを全て滅ぼす｣という言葉に、狂気すら感じ愕然とする。

ナタルの指揮の下、訓練に励むアークエンジェル級2番艦ドミニオン。3機のGと共に乗り込んできたアズラエルは、L4コロニー群への発進を命じる。一方、エターナル追撃の命を受けたクルーゼ隊もL4へ。かつての仲間同士が撃ち合う、三つ巴の戦いの幕が切って落とされた！

ナタルの巧みな戦術に窮地に陥るキラのフリーダムだったが、アスランの援護などにより状況は好転。ナタルは素早く撤退を決意する。一方ラウを察知しメンデルに向かったムウと、それを追うディアッカ。因縁の対決が始まる中、ディアッカとイザークも困惑の再会を果たすが……。

廃棄された遺伝子研究所へムウとキラを誘い込むラウ。そこでラウはキラの素性を語る。キラは1人の研究者の狂気の夢の産物、最高のコーディネイターとして作られた人間だった。そして自らの出生の秘密とムウとの因縁も明かし、自分には全人類を裁く権利があると言い放つ。

｢最後の扉の鍵｣となるディスクと共にポッドで宇宙空間に放たれたフレイ。三つ巴の戦闘が続く宙域に響いたフレイの声は、ラウの言葉から受けた衝撃を引きずりながら戦うキラにも届いた。｢鍵を持ってるわ、私！戦争を終わらせる為の鍵……！｣キラはポッドを追うが……。

フレイから渡ったNジャマーキャンセラーのデータにより、核攻撃が可能となった。アズラエルは連合軍首脳部に、核による総攻撃を承認させる。3機のGと共に発進する核攻撃部隊｢ピースメーカーズ｣。ついに放たれた核によって、ボアズ防衛線は一瞬のうちに陥落してしまう。

ザフトの最終兵器｢ジェネシス｣が光を放った。連合軍の半数以上をのみ込み、圧倒的な破壊力を見せつける。連合・ザフト両軍が最終決戦の火蓋を切って落とす中、核、ジェネシス双方を阻止するためキラたちも行動を開始。様々な想いが交錯する戦場に、ガンダムが出撃する……！

放たれたジェネシスの第二射は、連合軍月基地を壊滅させた。半狂乱のアズラエルは核部隊にプラント群攻撃を命令する。そして戦闘で傷ついたムウのストライクが帰投する隙をつき、ドミニオンの主砲でアークエンジェルを狙う！アズラエルの暴走を止めようとするナタルは……！

キラたちの奮闘により連合核部隊は全滅。ザフトの勝利が決定的となるが、ザラは戦闘を停止せずジェネシスの照準を地球へ向ける。ジェネシスを止めようとヤキン・ドゥーエに突入するアスランとカガリ。怒りに燃えるキラのフリーダムはラウのプロヴィデンスに最期の戦いを挑む！