ネトゲの嫁は女の子じゃないと思った？

剣と魔法のMMORPG『レジェンダリー・エイジ(LA)』。女キャラに告白⇒｢残念！ネカマでした！｣というトラウマがある西村英騎こと｢ルシアン｣は、強引なプロポーズに押し切られる形で女性キャラ｢アコ｣とゲーム内で「結婚」していた。そんなある日、ギルドのオフ会が開催されることに。期待と不安を胸に現場に向かったルシアンの前に現れたのは……？！

｢ネトゲの嫁｣の亜子をはじめギルドメンバーとのオフ会は大成功。しかし翌日、全然調子が掴めない瀬川と英騎の会話に、亜子がゲーム内の呼び名でいきなり話しかけてくる。なんと、亜子はゲームと現実の区別を全く付けていなかった。ネトゲとリアルの区別を付けさせるため、ギルマスにして生徒会長の杏がとった行動は、現代通信電子遊戯部、通称ネトゲ部の設立だった。

リアルの自分たちと一緒にゲームをすれば、亜子もリアルとネトゲの違いを理解するはず。そう思って設立したネトゲ部だが、亜子にはさっぱり変化なし。さらに、無理やり設立したため顧問不在のネトゲ部には廃部へのタイムリミットが迫っていた。かつてのプロポーズ相手｢猫姫｣さんのアドバイスもあり亜子を変えようとする英騎だったが、それがさらなるトラブルを生み……。

どうにかネトゲ部の存続も決まり、『亜子にリアルとネトゲの区別を付けさせる』という当初の目的は進展しないものの(むしろみんなで悪化ぎみ？)、部員たちはゲームでも部活でも楽しい毎日を送っていた。そんなある日、ゲーム内でデートしていたルシアンとアコは、基本的な操作もおぼつかない一人の初心者プレイヤーと出会うのだった……。

LAでやたらルシアンにちょっかいを出す初心者・セッテとそれがおもしろくないアコ。そんなアコを気遣って、セッテが来ない別のゲームをするネトゲ部の面々。その翌日、ひょんなことからセッテの正体が判明。さらに、からかい半分で英騎にちょっかいをかけたことから、ショックを受けた亜子は登校もせず、ゲーム内でもチャットをオフに。事態を打開するため英騎が取った行動は……。

ネトゲとリアルが違うことを教えるためにいろいろ苦労していた英騎だが、心の中では少しずつ別の気持ちも目覚めつつあった。そんなある日、そろそろ期末テストが近いことに気づいたメンバー。みんなは大丈夫そうだが、亜子の成績は超ヤバイことが判明し、ゲーム内でも期末のための特訓が始まる。そしてその裏で、英騎は期末が終わったらある計画を実行しようと心に決めていた……。

輝く太陽！きらめく海！そしてネット接続禁止！マスターが計画していたネトゲ部夏合宿がスタートした。この合宿、表向きの目的はネトゲ用体力作りだが、英騎が前回失敗した告白に再挑戦するという裏の目的もあった。順調に合宿メニューという遊びをこなす一同。そして夜、花火をしつつ並んで座る英騎と亜子。雰囲気はまさに最高潮！そして意を決した英騎がついに動く！

ホテルのレストランや買い物でLA内アイテムがもらえるコラボ。だが、英騎がログインしたパソコンには罠が仕組まれアカウントハックに遭う。そしてルシアンになりすました何者かの魔の手がアコに忍び寄る……！やがて自分のアカウントを取り戻した英騎だが、すでに愛着のある装備も、大事な結婚指輪も何もかも消えていた。そして、『ルシアン』というキャラクターも消滅していた。

夏休みの宿題を何もやっていなかった亜子をなんとかするため、亜子、茜、奈々子は杏の家で女の子だけのお泊り勉強会をすることに。初めて訪れた杏の家は広大なお屋敷。そして初めて友人を連れてきた杏にむせび泣くメイドたち。お泊り会なので頼みの綱のルシアンはいないし、苦手なリア充の奈々子はいるし……。トイレに行くついでに逃げ出そうとする亜子だが……。

一年で一番長い二学期が始まった。二学期の校内イベントといえば文化祭。ネトゲ部も、部活動である以上文化祭には参加しなくてはならない。しかし、ネトゲ部最大の成果である『亜子が学校に来るようになった』を発表するわけにもいかない。では何を発表するか？マスターが出した案は、最近LAに実装されたギルド対ギルドの対人プレイ『攻城戦』に勝ち、その写真を展示することだった。

人数不足を補うため猫姫やセッテを仲間に加え、さらにトップクラスの傭兵ギルド『ヴァレンシュタイン』と同盟を組んだルシアンたちは『カントル砦』の攻城戦へと向かう。対人最強と謳われるヴァレンシュタインの連中は、装備も戦術もあらゆる面でルシアンたちを凌駕していた。そしてヴァレンシュタインのリーダー・バッツの指示であっさりカントル砦を落としたルシアンたちだったが……。

文化祭までに行われる攻城戦は今日が最後。ルシアンたちは、同盟を組んだ『猫姫親衛隊』とともに『カントル砦』攻略に向かう。序盤、前線を崩せずに苦労したルシアンたちだが、奈々子の機転もあり砦内に侵入、杏の指示の下砦占領に成功する。残り20分。今度はここを守りきらなければならない。そして、必死に守っているのを攻め落とすことを喜びとしている、やつらが動き出した……。