最弱無敗の神装機竜《バハムート》

5年前にクーデターによって滅ぼされたアーカディア旧帝国の皇子であるルクスは、アティスマータ新王国で咎人として国民の雑用を引き受けるという契約のもと、日々様々な仕事に励んでいた。そんなある日、不運にも屋根が壊れ、ドラグナイトを目指す少女たちが通う学園の浴場に落下してしまったルクスは、新王国の姫であるリーズシャルテことリーシャに目を付けられ……。

ドラグナイトとしての適性値が高い少女たちを育成するための学園に通うことになったルクス。少女たちから好奇の目で見られ、様々な雑用を押し付けられそうになっていたところを助けたのは、才女として学園で一目を置かれているクルルシファーだった。クルルシファーはルクスに旧帝国を壊滅させた伝説のドラグナイトである《黒き英雄》を探して欲しいと頼む。

ルクスの入学祝いと称してパーティーを開いてくれたリーシャたち。そこへ水を差すかのように大量の雑用依頼を持ったレリィがパーティーの余興としてルクス争奪戦を提案する。それは依頼を受けてもらえない生徒たちへの不満解消のため、ルクスが持っている特別な依頼書を奪うことができれば、一週間優先して雑用を依頼できるというもので……。

未だ謎に包まれている遺跡の調査に向かうことになったルクスたち。他国からの留学生であるため、遺跡の調査など危険を伴う行動を制限されているクルルシファーも同行を志願し、調査隊に加わることになる。そして調査が行われる当日、クルルシファーの許嫁であるバルゼリッドが手助けと称して、協力を申し出るのだが……。

全てはバルゼリッドが仕組んだことだった。クルルシファーの出生の秘密を知るバルゼリッドは、その力を手に入れるためにクルルシファーに近づいていた。バルゼリッドの不可思議な力の前に為す術なくやられてしまうクルルシファー。絶体絶命かと思われたそのとき、月夜の空に漆黒の神装機竜が姿を現す。

学園の敷地内に不審者が出るという話があり、シャリスたちに敷地内の見回りに協力して欲しいと頼まれたルクス。快諾して学園内を歩き回るルクスだったが、突如不審者が現れ、ナイフを突きつけてきた。そのとき、助けに現れた少女こそ、四大貴族の令嬢、学園最強と呼ばれる騎士団長、セリスティア・ラルグリスだった。

強化合宿のため島へとやってきたルクスたち。水着に着替え、海辺で羽を伸ばす学園の少女たち。しかし、学園に残り、ラグナレク討伐に同行するため、この島でルクスはセリスと勝負をすることになっていた。そして始まったルクスとセリスの決闘の最中、演習場に突如ラグナレクが現れる。その陰では、不審者が再び暗躍していた……。

突如として姿を表した巨大な船の形をした遺跡。合宿の本当の目的はこの遺跡《方舟》を調査することだった。4つのチームに分かれ、遺跡の調査を行うルクスたちは、瓦礫の下で横たわる一人の少女を見つける。《方舟》の管理者を名乗る少女が言うには、《方舟》の大半の機能が停止しているため復旧の必要があるのだが……。

レリィから語られるフィルフィに隠された真実。ルクスはフィルフィに残された時間があと僅かであることを知る。幼い頃、絶望の淵にいた自分を必死で救ってくれたフィルフィの姿を思い出すルクス。あのときフィルフィがいてくれたから自分は戦うことができた。ルクスは今度こそ何があっても必ず彼女を救ってみせると決意し、遺跡へと向かう。

間近に迫ったアティスマータ新王国の建国記念祭。数日間にわたって行われる国を挙げての祭典をルクスと過ごすため、リーシャたちはこぞってデートを申し込む。しかしたまった雑用の依頼もあり、自由な時間が限られているルクス。そこでレリィの提案もあり、ルクスは一緒にデートに行く女の子を3人選ぶことになるのだが……。

ナルフ宰相から聞かされる帝都奪還計画という名の陰謀。建国記念祭で行われる全竜戦の終了と同時にその計画は決行されるという。計画を阻止する協力として、王都を襲撃するために潜んでいるという100体に及ぶアビスを引き付ける囮役を命令されるルクス。さらには全竜戦で優勝することも要求されるのだが……。

全ては用意周到に仕組まれた罠だった。リーシャは敵の策略によって捕らえられてしまい、ルクスはラグリード率いる反乱軍とアビスの群れに追われ防戦一方。そしてクロスフィードには巨大な影が迫っていた。まさに絶体絶命の危機を迎えたアティスマータ新王国を守るため、決死の戦いが始まる。