"超高校級の絶望"による『人類史上最大最悪の絶望的事件』によってかつて世界は崩壊までおいつめられた。そんな絶望に満ちた世界を救うべく、人類の希望ともいうべき組織 "未来機関"が結成される。
未来機関はあらゆる才能を集めた希望ヶ峰学園の卒業生を中心に構成された組織であり、同じく希望ヶ峰学園の生徒を中心に構成された"超高校級の絶望"と熾烈な戦いを繰り広げた。
事件の黒幕である真の"超高校級の絶望"江ノ島盾子の死によって戦いは一つの区切りを迎える。江ノ島の絶望を打ち破り"超高校級の希望"となった苗木誠をはじめ、霧切響子、朝日奈葵、十神白夜、葉隠康比呂、腐川冬子は、未来機関に所属することになった。
しかし、苗木は江ノ島によって"絶望"の思想を植え付けられ、"絶望の残党"となった77期生も救いたいという想いから、未来機関にとらえられていた彼らを"絶望"の思想を取り除く「希望更生プログラム」にかけ、解放してしまう。
独断で行動し、しかも"絶望の残党"を世界に放った苗木誠を処分すべきか否か、未来機関の面々は緊急会議を行うことになる。
絶望をふりまく因子がある存在・可能性は一切抹消すべきであるという急進派、暴力のみでの解決を否定し、新しい道を模索すべきであるという穏健派、どちらにも所属せず場を静観する中立派…会議は平行線をたどる一方であった。
そんな中、あたりに突如爆発音が響く。そして催眠ガスを吸わされる未来機関一同…目が覚めると、それまで会議を行っていた施設に彼らは監禁され、腕には謎のバングルがつけられていた。
眠る前と一変して異様な雰囲気に包まれた施設に、「うぷぷぷぷ」という "モノクマ"の声が響き渡る。モノクマを操る江ノ島盾子は死んだはずと混乱する苗木たち。
モノクマは、未来機関、そして苗木に対し「最後の戦いをしよう」とコロシアイゲームをもちかける。もう二度とコロシアイなどしない、そう反論する苗木だったが、モノクマは未来機関の中に「裏切り者がいる」と告げるのだった。裏切り者は誰か、未来機関の望む希望は正しいものなのか、苗木たちは生き残り、真実にたどり着けるのか。希望が希望を殺す絶望の物語が始まる。