平凡な小学三年生だった女の子、高町なのは。だが、ある日出会った不思議なフェレット・ユーノと、彼が持っていた魔法のデバイス・レイジングハートとの出会いで、魔法少女としての運命に巻き込まれてしまう。危険な古代遺産「ジュエルシード」を巡って争うことになる異世界の少女、フェイト・テスタロッサとの出会いや次元世界を管理する時空管理局の介入から事態は激しさを増し、戦いの日々へとなのはは向かい合ってゆく。悲しい運命を背負ったフェイトにひかれ、同じ寂しさを分かち合いたいと願ったなのは。「友達に、なりたいんだ」思いを届けるため、なのはは自らが得た魔法を手に、フェイトと、運命との戦いを選んだ―――。