文明が発達してもう一つの世界の存在を忘れてしまった人間たち。そのもう一つの世界の住人である妖怪たちは、そんな自然への恐れを忘れてしまった人間たちに対して怒り、容赦なく鉄槌を下そうとする。だがそんな妖怪から人間を守るために戦う者がいた。幽霊族最後の生き残りであるゲゲゲの鬼太郎だ。父である目玉親父と共に次々に起きる妖怪たちの事件を解決する鬼太郎。それを助ける子泣きじじい、砂かけばばあを初めとする頼もしい妖怪仲間たち。そして人間のように損得勘定で敵にも味方にもなる半妖怪ねずみ男のトラブルや、妖怪たちを悪の道に引きずり込む妖怪総大将のぬらりひょんの魔の手から人間たちを救い、いつの日かやって来る妖怪と人間たちが仲良く暮らせる世界を目指して戦うのだ。