遥か未来。
かつてない大変動が、大地を襲った。
都市は海に沈み、南の島は極地になった。
海底は高山となり、平原には巨大な亀裂が走った。
眠っていた火山は火を噴き、空を灰色に覆った。
この大変動の前に、人々は為す術を持たなかった。
惑星Ｚｉの表面に脈々と築かれてきた文明は壊滅した…。

そして数千年が流れた。人類は死滅していなかった。

大変動を生き延びた僅かな人々の子孫達が、各地に新たな独自の文明を築き、都市間の交流もようやく始まりつつあった。かつての大変動も、今は「神々の怒り」と呼ばれ既に神話の世界となっていた。
だが神話が単なるフィクションでない証拠が二つあった。
各地に残され、今も動き続けている謎の巨大施設「ジェネレータ」。
そして大変動前から生き延び、あるいは今も各地から発掘され、活動しているメカ生体ゾイドである。

発掘されたゾイドは適合しさえすれば人間に操ることが出来たため、人々に利用され、各地の文明の発達に大きく寄与していた。そのため「ゾイド堀り」という職業も生まれ、発掘が盛んに行われていた。またゾイドを操れる人は「ゾイド乗り」として人々の尊敬を集めていた。ゾイドは各地の文明の発達に大きく寄与したが、平和的に利用されているばかりではなかった。ゾイドを軍事力として利用し勢力を拡大、惑星Ｚｉすべてを支配しようとする国がディガルド武国である。

この物語は、ディガルド武国の力の支配に屈することなく戦い続けた勇士達の、勇気と信頼と友情を描いていくものである。