平凡な小学三年生だったはずが、偶然をきっかけに魔法の力と巡り会った少女、高町なのは。魔法の力を手に、異世界の遺産「ジュエルシード」を巡っての出会いと戦いを繰り広げた日々「プレシア・テスタロッサ事件」から、半年あまり。自らに魔法との出会いをくれた友人、ユーノ。戦いを支えてくれた時空管理局の面々。戦いの中で触れあい、絆を結びあった少女、フェイト・テスタロッサ。懐かしい一同との再会を楽しみにしながら静かに暮らすなのはのもとに、突然の驚異が現れる。禁断の魔導書「闇の書」。運命がその幕を開け、いくつもの想いが交錯する戦いの日々が始まってゆく。立ち向かうのは、高町なのはとフェイト・テスタロッサ、二人の少女魔導師。宿命の鍵を握るのは、車椅子の少女、八神はやて。受け止めたのは勇気の心。手にするのは、心をつなげた魔法の杖。三人の少女を巡る運命の輪が、いま静かに回り出す―――――。