突如、出現した人類の敵「ネウロイ」に対抗するべく世界各国が連合軍を組んだ。ただし、彼らに対抗できるのは特殊な魔力を持った、少女たちだけだった・・・。扶桑皇国から欧州に派遣された主人公の宮藤芳佳は、各国から集められたエース達と共に見事ガリア地方のネウロイ撃退に成功し、かけがえの無い大切な仲間を得た。TVアニメ1期での第501統合戦闘航空団、通称『ストライクウィッチーズ』の活躍から半年、平和な日々が続いていた欧州に突如ネウロイが出現した! ネウロイの脅威に怯える欧州を守るため、『ストライクウィッチーズ』は再び空へ舞い上がる!