熱斗とロックマンはネットセイバーとして、多忙な日々を送っていた。そんなある日、獣の姿を持つ電脳獣・グレイガと鳥の姿を持つ電脳獣・ファルザーが現れ、現実世界、電脳世界の区別なく暴れまわるという事件が起きる。
そしてその日を境に、不気味な事件が連続して発生するようになった。獣化した姿を持つ電脳生命体・ゾアノロイドが熱斗たちの世界を脅かし始めたのだ。祐一朗は、彼らがビヨンダードと呼ばれる異世界からやって来た存在だと推測した。
謎のナビ・トリル。不思議な少女アイリス…彼らとの出会いをきっかけに、熱斗とロックマンの冒険は異世界・ビヨンダードへと広がっていく。
熱斗とロックマンは、ビヨンダードからの侵略を防ぐことができるのだろうか…！？