ある日、寝ていたケータの腕から光を放ち突然消えた妖怪ウォッチ――。
さくらニュータウンに現れた超巨大猫妖怪デカニャンから「このままでは…世界はヤツらのものにニャってしまうでふ。オラッチのともだちを助けてくれ…」と頼まれたケータは、手がかりを探しにおばあちゃんの家があるケマモト村に向かう。
妖怪ウォッチが消えた謎、そのカギを握る妖怪フユニャンとの運命的な出会い――。
そして、妖怪ウォッチを取り戻すため、ケータとウィスパー、ジバニャンとフユニャンはなんと60年前の過去の世界にタイムスリップ！
そこで彼らを待ち受ける強大な敵とは！？果たして、妖怪ウォッチの行方は！？