《これは、ゲームであっても遊びではない。》

世界初のVRMMORPG《ソードアート・オンライン》がデスゲームと化し、
１万人のユーザーがゲームの世界に閉じ込められてから、既にひと月以上が過ぎていた。

鋼鉄の浮遊城《アインクラッド》第一層を攻略したアスナは、
キリトとコンビを組んだまま、最上階を目指し旅を続けていた。
女情報屋アルゴの協力も加わり、攻略は順調に進んでいるかのように見えたが……

攻略を先導するトッププレイヤー集団、《ALS》（アインクラッド解放隊）と《DKB》（ドラゴンナイツブリゲード）。
本来は共闘すべき2大ギルドの対立が勃発する。
その陰には、暗躍する謎の人物の姿が――。

死と隣合わせの危険な戦いのなか、《攻略》とはまた異なる《脅威》が、
アスナとキリトを巻き込んでいく――！