ネットワークシステムが発達した都市Den City(デンシティ )。そこでは大企業『SOLテクノロジー社』が作り上げた高度なネットワーク技術により、 『LINK VRAINS(リンク ヴレインズ )』と呼ばれる VR 空間が構築され、人々はその空間での新たなデュエル体験に熱狂していた。
『LINK VRAINS(リンク ヴレインズ )』に、デュエルによるハッキングを仕掛ける謎のハッカー集団『ハノイの騎士』が現れる。彼らの狙いはネットワークのどこかに存在するという『AI たちの世界=サイバース』 を滅亡させる事にあった。
しかしそんな 『LINK VRAINS(リンク ヴレインズ )』の脅威に立ちはだかる1人のデュエリストがいた。
彼の名は“ Playmaker”。圧倒的なデュエルで『ハノイの騎士』を倒し、何も語らずに去っていく彼の名は、ネットワーク世界で一躍有名になる。
その“ Playmaker”の正体である高校生『藤木遊作』は、過去に起きた事件の真相を探すため、VRAINSに出没する『ハノイの騎士』を追っていたのだった。