激しかった戦いの日々も終わりをつげ、なぎさとほのかはプリキュアとして戦う日々から、元通りの普通の中学生としての毎日に戻っていた。光の園も平和な日々を取り戻し、メップルとミップルとポルンも、今は静かな眠りについている。だが、異変は突然起こった。ジャアクキングの攻撃で傷ついていたクイーンが、「生命」「心」「12のハーティエル」に分裂してしまったのだ。
その頃、中学3年生になったなぎさとほのかの前には、ザケンナーがまたしても姿を現していた。眠りから覚めたメップルとミップルの力で、二人は再びプリキュアに変身! こうして戦いは幕を開け、謎めいた少女・九条ひかりとの出会いが、思いもよらぬ運命へと物語を導いてゆく。