新サクラ大戦 the Animation

太正三十年―多くの客で賑わう大帝国劇場。帝国歌劇団の新作公演初日。楽屋には隊長代理としての初めての舞台を迎える天宮さくら、そして、東雲初穂、望月あざみ、アナスタシア・パルマ、クラリスの新生花組の4人の姿が。そこに神山誠十郎が帰国。その後ろには見知らぬ一人の少女の姿が…

神山から託されたクラーラを家族として迎える決意をしたさくら。一方、街では神出鬼没の怪人・白マントの話題で持ちきりになっていた。さくらはクラーラを連れて花組メンバーの紹介や帝国劇場を案内することに。

突如現れた莫斯科華撃団所属の空中移動要塞『セバスト―ポリ』。そこから帝国劇場に降りてきた謎の鉄仮面集団。少し遅れて一人の男が優雅に下りてくる。その男は莫斯科華撃団隊長ヴァレリー・カミンスキーと名乗り、さくらに一本の赤い薔薇を差し出す。

さくらは初穂が気になり部屋を訪れるが、扉には「実家に帰る」との張り紙が。花組一同が心配するが「お祭りの手伝いで帰ったのでは」と話し、さくらも手伝いに行くことにした。一緒に行きたいと言うクラーラと共に、さくらは初穂の実家である東雲神社に向かう。

東雲神社での一件を目の当たりにしたあざみは、莫斯科華撃団を壊滅させたのはクラーラではないかという疑惑を持ち始め、調査を始める。それを聞いたクラリスもいい脚本のネタになるかもしれないということであざみに協力することにし、たまたま立ち聞きしていた司馬もそこに加わる事に。

突然帝劇を訪れたさくらの剣の師匠・白秋。クラーラと初対面のはずが、すでにクラーラを知る白秋。帝都では帝国歌劇団に莫斯科からの期待の新人現るという噂で持ち切りだという。白秋はさくらとクラーラを自分が面倒を見ている孤児院へと誘う。

連盟本部から帰国した神山を持て成すために、手料理を用意するさくらと花組の隊員たち。その夜、神山はさくらとの約束を果たすために翌日出かけようと誘う。そを聞いていたクラーラも誘い、3人で花やしきへ出かけることに。しかし、神山とさくらの抜け駆けを許さない怪しげな影が３人を追う…！

帝国華撃団・花組と新生莫斯科華撃団による華撃団対戦が幕を開ける。クラーラはこのような事態になったことを謝罪するが、さくらたち花組は「絶対に私たちが守るから！」と力強くクラーラに伝え、華撃団対戦に臨む。

さくらたち花組はクラーラがレイラの妹であること、そして降魔であったことに動揺を隠せないでいた。クラーラは行方不明のまま、そして莫斯科華撃団も姿をくらましている中、欧州の神山から通信が入る。

セバスト―ポリの再来で混乱する帝都。戦いで傷ついた無限の修理には時間が掛かるという。特にさくらの無限はセバスト―ポリからの一撃により、修復不能となってしまっていた。一方その頃クラーラはレイラが居る、見覚えのある部屋で目を覚ますのであった。

試製桜武に搭乗したさくらを先頭に、襲い掛かる敵を蹴散らしながらセバスト―ポリ内を進む花組はついにカミンスキーのもとにたどり着く。カミンスキーの横にはレイラ、そしてその奥には謎の装置に入れられたクラーラの姿が見える。しかし、中にいるクラーラの様子は普通ではなかった。

遂に力が覚醒してしまったクラーラ。さくらは暴走すらしつつあるクラーラを止めようと必死に呼びかける。カミンスキーは覚醒したクラーラの力を手に入れるべく、近づくさくらを攻撃するが、アナスタシアが身を挺して守る。初穂、あざみ、クラリス、そして白秋もカミンスキーに立ち塞がり、さくらにクラーラを託す。