「もしわたしが悪い人になったら許せませんか？」
　少年は少女を守りたい。そう、思った。
　魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉 が、あらゆる願いをかなえる願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」が起きて10年、冬木市で再び戦争が始まった。前回の「聖杯戦争」の参加者である衛宮切嗣の養子・衛宮士郎は遺志を継ぎ、戦うことを決意する。
　士郎のそばには、彼を慕う少女――間桐桜がいた。
　彼女は毎朝、毎晩士郎の家に通うと朝食と夕食を作り、天涯孤独だった士郎と優しい日々を過ごしていた。
　だが「聖杯戦争」が始まると、冬木の町に流れる空気が変わった。あちこちで殺人事件が起き、不穏な空気が流れ始める。士郎は桜を自宅に泊めることを決意した。
　士郎は召喚したサーヴァント・セイバーとともに、魔術師の遠坂凛と同盟を結び「聖杯戦争」に臨む。だが、その戦いは暗躍する者たちによって大きくきしみ、歪み始めていた。