ある日、工藤タイキは不思議なメロディを聞く。そして、今にも力尽きそうな誰かの息づかいと、助けを呼ぶ声…。
「俺には、放っとけない!」
タイキの心と声の主・シャウトモンの心が結ばれた時、謎のデバイス・デジモンクロスローダーが現れた! 消え入りそうなシャウトモンのメロディがクロスローダーに吸収され、タイキは異世界へと引きずり込まれてしまう。
異世界・デジタルワールドでタイキが目にしたのは、デジモンたちが軍団を作って戦う姿だった。デジタルワールドでは、覇権を目指すバグラ帝国が破竹の進撃を続けており、平和なシャウトモンたちの里は、今まさにバグラ軍の総攻撃を受けていたのだ。
タイキが望むのはデジタルワールドの覇権か、それとも…? いま、想像を超える戦いが始まる!