日本の裏社会を牛耳る女・藤堂に不二子を人質にとられたルパン。藤堂の要求に従い、幻の宝玉「人魚の鱗」を盗み出したルパンだったが、その宝玉は偽物で、藤堂は何者かに殺害されてしまった。
八百年も生きたと伝えられる八尾比丘尼が残した財宝――「人魚の鱗」の謎を追い始めたルパンが出会ったのは、泥棒の弟子になりたいという少女・麻紀と、藤堂と共に殺されたはずの謎の女・美沙、そして今回の事件を裏で操っているといわれる氷室という男。それぞれの点が一本につながる時、「永遠の命」によって呪われた一族の悲哀と、そこに関わっていたルパン一世の真実が紡ぎだされる。果たして、封印の地でルパンが目にしたものは……。