舞台は2030年頃、日本の首都・超東驚(ちょうとうきょう)。人間は「バディファイト」を通じ、「親近界」と呼ばれる異世界の住人たちと交流を始めていた。バディファイトとは、選ばれた人間「バディファイター」が、異世界の住人(バディモンスター)と相棒となり繰り広げるゲームである。その戦いは、時に国の命運を左右し、バディモンスターの力を悪用するものも現れていた。

物語の主人公、未門牙王(みかどがおう)は小学6年生。臥炎キョウヤ率いるディザスターとの激闘を制し、最強バディファイターとなった牙王は、その実力を認められバディポリス見習いとして活動を始める。

そんな頃、地球に新たな脅威が勃発する。凶悪な百体のイリーガル・モンスター「百鬼(ひゃっき)」が地球に侵入したのだ。その「百鬼」を操るイカヅチと名乗る謎の少年。牙王と仲間たちの新たな戦いのステージが始まる。