京都で復活した不浄王の討伐に成功し、正十字学園での日常生活に戻った燐たち。

しかし、正十字騎士團には悪魔に関する悩み相談が増え、世界各地でも異変の波が広がり始めていた。
燐たち候補生は、協力して学園で起こる不可思議な現象を解決していく。

そして迎えた正十字学園祭のさなか、啓明結社イルミナティの総帥である光の王・ルシフェルが突如現れる。

ルシフェルは正十字騎士團に宣戦布告する——
魔神サタンを復活させ、物質界(アッシャー)と虚無界(ゲヘナ)を融和する、と。

そしてとある「計画」のため、出雲が必要だと言うが……。