人智を超えた異能を持ち、太古より人類の歴史を操ってきた存在、「ブレスド」。
彼らが再び、不穏な胎動を始めた。戦いの暗雲が、世界を覆い始めようとしていた―。

ブレスドの存在に勘づいたジャーナリストのルーシー・ダベンポート。
彼女は009こと島村ジョーをはじめとするゼロゼロナンバーサイボーグたちのもとを訪ねる。
冷戦下で幾度も平和の危機を救ってきたサイボーグ戦士たちだったが、
国連軍ガーディアンズ設立以来、その使命から離れ、
今はアメリカ・テキサス州で静かな隠遁生活を送っていた。

ルーシーがサイボーグたちに渡したのは、亡き父から託された謎のキューブ。

ブレスドの鍵を握るそのキューブを開けたとき、突如、ブレスドのメンバー“カウボーイ”の襲撃を受ける。

そして、もう一人のメンバー“ティーチャー”も009たちを狙ってテキサスへ向かっていた。

そんな中、国連軍ガーディアンズもまた、サイボーグたちの行動を問題視し始めていた。サイボーグたちが失地回復のために自作自演の事件を起こしているという疑惑の目を向けたのだ。
四面楚歌の中、009たちは安息の地を捨て再び新たな戦乱の中へと身を投じる事となる。

人は戦いを忘れることはできないのか。人類の未来はどこへ向かうのか。

サイボーグ戦士、誰がために闘う―。