熱斗、ロックマンたちの活躍によりDr.リーガルとレーザーマンは倒され、地球には平和が訪れた。だがそれも束の間、地球はさらなる危機に直面していた。リーガルの背後にいた「デューオ」という未知なる存在である。 デューオとは、彗星に偽装し、はるか遠い異星より地球に接近してきた地球外ネットナビ。その目的は宇宙を探査し、危険な惑星を見つけ抹殺することだ。リーガルの起こした事件を観測したデューオは、地球という惑星に対し「抹殺」という審判を下した。 現実世界の世界各地に多数のウイルスが実体化・巨大化し、街を破壊しはじめる。熱斗とロックマン、炎山とブルースはクロスフュージョンし、地球を襲う異変に立ち向かおうとするが、その時、熱斗たちはデューオ、そしてデューオに仕えるナビ、スラーと邂逅する。デューオは、人間とナビの融合、クロスフュージョンに興味を持ち、地球の未来を見届けたいと考えた。
デューオは地球抹殺の前に人類に試練を与える、と言う。
デューオの試練とは一体何なのか。スラーが人々へ与える悪の芽、アステロイドとは何者なのか。熱斗たちの、地球と、サイバーワールドを救うための戦いは始まったばかりである。