突如、海上より飛来した忍者集団により奇襲を受ける木ノ葉隠れの里。目を見張る技術力と見境の無い恐るべき攻撃力…それは、かつて木ノ葉隠れの里に滅ぼされたはずの「空の国」の忍、「空忍」の仕業だった。
里の危機を知り、駆けつけたナルトたちの前に凄腕の医師・神農が現れる。時を同じくして、救援を求め、神農の弟子を名乗るアマルが木ノ葉隠れの里に辿りつく。どうやら、火の国の外れにあるアマルの村も何者かによる襲撃を受けたらしい。綱手の指令により海上にある空忍艦隊はシカマルたちに任せ、ナルトたちはアマルの故郷に向かう。突如、現れた空忍の目的は木ノ葉への復讐なのか！？
敵との闘いをかいくぐり謎の究明を急ぐ中、かつて袂を分かった友・サスケがナルトたちの前に姿を現す！