ゲッターロボ アーク

早乙女研究所を受け継いだ神隼人は謎の敵から地球を守るためD2部隊を組織していた。一方、母の仇を追う流拓馬は手掛かりを追い、相棒の山岸獏と共に早乙女研究所を目指していた。

隼人は拓馬と獏にカムイと共にアークのパイロットに成れという。そんな中、早乙女研究所の上空に突然、時空転位ポイントが開き、敵の大軍団が襲来する。

敷島博士の防衛システムの発動と同時に、拓馬、カムイ、獏のゲットマシンが発進する。凄まじい砲撃が交錯する中、アークに合体した拓馬は敵の大軍団に立ち向かう。

〝ゲッター線〟研究の中に敵の転位システムを解明するヒントがあると直感する隼人。拓馬、獏、カムイは、何者かに誘われたかのように旧研究所区画へのゲートで合流する。

19年前の光景を幻視した拓馬、カムイ、獏。同じ頃、現実でも早乙女研究所に侵入した女王蟲が大量の蟲軍を操り、ゲッタードラゴンの居る研究所の深部を目指していた。

ハワイ沖にある敵の巨大転位ゲートに対する連合軍の大規模な作戦が決行されるも失敗。アークは隼人から別の任務を受け海中を進んでいた。海底で拓馬たちが見たものは？

かつて敵対した地上の人類と爬虫人類はアンドロメダ流国の脅威の前に手を結んでいた。〝ジュラ・デッド作戦〟の準備が進められる中、アークを欠き、苦戦を強いられる連合軍。

恐竜帝国では〝ジュラ・デッド作戦〟の成功を祈願して出陣式を行うことに。カムイの過去を聞かされた拓馬は、カムイとカムイの母が気兼ねなく堂々と逢えるよう一計を案ずる。

敵の襲撃を受けるマシーンランド。転位装置ゾルドが破壊されれば亜空間の先にアークを送れなくなってしまう。ゾルドに迫る蟲軍。その前に〝黒い真ゲッター〟が現れる。

砂漠が広がっていた。冷血な武蔵の行動に戸惑いを隠せない拓馬たち。武蔵の母船に招かれた拓馬たちはゲッターの進化がもたらした恐るべき宇宙の歴史を知らされる。

アンドロメダ流国の宇宙船には拓馬の母の仇・マクドナルドが乗っていた。それぞれの思いをのせ、遂に直接対決が始まる。カムイはマクドナルドから、思わぬ取り引きを持ち掛けられる。

宇宙空間ではぐれたカムイ。敵の自爆から逃れるため、行先もわからない転位ポイントに飛び込んだアーク。同じ未来を視たカムイ、獏、拓馬が、それまでの因縁によって異なる道を選択する。

瓦礫となった都市の上空で対峙する拓馬とカムイ。共に平和を望みながらも、因縁の果て、戦うことしか出来ない両者。避けられない戦いの果てに待つものは……?