サクラ大戦　ニューヨーク・紐育

ある日、新次郎扮する“女優・プチミント”に舞台『クレオパトラ』の主役を演じさせようと、大劇場「リトルリップ・シアター」のオーナーであるサニーサイドが言い出した。それを嫌がる新次郎と、彼を説得しようとする星組メンバー。一方、賑わう街中にこつ然と現れた褐色の青年と従者。静かな怒りを秘めた瞳が見つめる先は…！？

クレオパトラ役を“プチミント”として演じることになった新次郎。星組メンバーの応援を受け、戸惑いながらもやる気を出した新次郎のためにダイアナが選んだ練習方法は、“プチミント”姿での外出だった。エジプト文化に触れるのが目的で訪れたメトロポリタン美術館では不穏な空気が…！？

舞台『クレオパトラ』の稽古中、結果が出せない新次郎に厳しい言葉を浴びせる昴。その夜、新次郎と昴の意見が完全に決裂してしまう。翌日、フェイの子供のお祝いにチャイナタウンを訪れた星組メンバー。一方、昴は一人あの褐色の青年に接触するが…。

紐育港に降り立った1人の日本人女性。ジェミニとリカ、サジータが三人がかりで挑んでも軽く受け流す剣の腕前を持つ彼女こそ、新次郎の母・大河双葉であった。久々の親子の再会だったが、新次郎が“プチミント”姿だった事から星組メンバーを巻き込む大河親子の勘違い騒動が巻き起こる！

紐育の街からは、徐々に活気が消えつつあった。紐育の人々から様々な“心”を奪っていった褐色の青年・ツタンカーメンの理想と目的を知った、新次郎の心も揺れていた。正義とは何か、人々の本当の幸せとは…？信頼できる仲間との絆を胸に、紐育華撃団・星組が今立ち上がる…！！

全てが白い光に包まれた紐育。その上空に浮かぶ逆ピラミッドへ次々と吸い込まれていく人々、紐育全土を飲み込もうとする恐怖…。今、街はまさに壊滅状態にあった。かろうじて無事だった「リトルリップ・シアター」の中で、最後の決断を迫られる紐育華撃団・星組。…選択肢は2つ。果たして、彼らが選ぶ道は…？