神魂合体ゴーダンナー!!

ダンナーベースに所属するスーパーロボ｢ゴーダンナー｣のパイロットの猿渡ゴオは、擬態獣との最終決戦で、パートナーであり恋人だったミラを失う。その時命を救われたのは、12歳の葵杏奈だった。5年後、再会した2人は恋人同士になる。ミラとの過去を吹っ切り、杏奈との結婚を決意したゴオは、結婚式を計画するが…。

なんとか結婚した杏奈とゴオ。甘い新婚生活が始まるはずだったが、ゴオのパートナーを目指す杏奈は、ダンナーベースで訓練を受けていた。ミラを失ったトラウマから、杏奈をパイロットにさせたくないゴオは、厳しい訓練に疲れ、家事や学業を疎かにしている杏奈に辛くあたる。そんな時、杏奈の学校に擬態獣が現れて…。

マレーシア領ディオマン島沖。台風に隠れてやって来た巨大な擬態獣が、突然暴れだした。緊急に駆けつけたのは世界各国のパイロットたち。そこに、ハネムーンでやってきたゴオと杏奈は、擬態獣と戦う彼らの勇姿を目の当たりにする。戦うことの厳しさを知り、杏奈はゴオのパートナーとなる決心をますます固めるのだった。

ダンナーベースで生活している杏奈とゴオ。そして、ゴオに想いを寄せる静流は、2人の存在が気になって仕方なかった。ドジばかり踏む杏奈に辛くあたってしまう静流。なんとか静流に気に入られようと、一所懸命に努力する杏奈だったが、そんな中、静流に移籍の話が舞い込んでくる。

杏奈と友達が休み時間を屋上で過ごしていると、空から流れ星が降ってきた。学校を抜け出し現場に駆けつけた杏奈は、コスモダイバーの中で気を失った美少女ルウの姿を見つける。コスモベースを擬態獣に襲われ、父と離れ離れになってしまったと言うルウを伴い、ダンナーの仲間たちは擬態獣を倒すため宇宙に向かう。

ミラを失った5年前の戦いの悪夢にうなされるゴオは、ある日霧子から衝撃的な事実を打ち明けられる。5年前の戦いで死亡したと思われていた戦友マックスと、かつての恋人ミラが生きていたというのだ。しかし、ミラは記憶も知識も全く失ってしまっていた。そんなミラの存在に戸惑いを隠せないゴオだったが…。

ミラの接吻で目を覚ましたマックスはコアガンナーを操り、周囲に無差別攻撃を始めた。そして、ミラを愛していたこと、ゴオとミラの関係に嫉妬していたことを告白する。ゴオとミラの関係を知らされてしまった杏奈。ミラの死を責められ、心を痛めるゴオ。精神的に追い詰められた2人だが、マックスを止めるために奮闘する。

飛空獣との戦いによって攻撃を受けたナイトとエリスは、ダンナーベースに緊急避難した。ドラグライナーを修理する間、プレイボーイであるナイトは、ダンナーの女の子を手当たりしだい口説き始める。やがて被害はミラにも及び、それを見たゴオはナイトに殴りかかる。そんなゴオを、複雑な心境で見守る杏奈だったが…。

戦いの最中、杏奈をミラと呼び間違えてしまったゴオ。その一瞬の隙を攻撃され、ソシュール島へ墜落してしまったダンナーとオクサー、そしてドラグライナー。通信手段も途絶え、地震の多発する無人島に取り残されてしまった杏奈、ゴオ、エリス、ナイト。その地震の正体は、地下に潜む地底獣によるものだった。

戦闘禁止地区で何者かによる戦闘の痕跡が見つかり、Menage-Zeroが発令された。そこに残された多数の擬態獣の死骸が、父親を襲った擬態獣と同じであることを知ったルウは、戦いに参加したいと申し出る。ゴオたちに全く相手にされずふてくされるルウだが、擬態獣に妻を奪われた剣と出会い、操縦を教えてもらう。

擬態獣に囲まれたルウのピンチを救ったのは、ブレイドガイナーに乗った剣だったが、彼はMenage-Zeroによって破壊命令を受けたお尋ね者だった。自分より強い剣に、娘のような存在のルウを奪われた気分のゴオは、嫉妬心からブレイドガイナーに襲い掛かる。しかし、ゴーダンナーはあっさり負けてしまい…。

剣との戦いをきっかけに戦闘恐怖症になり、右腕が思うように動かなくなってしまったゴオは、そのことを必死に隠そうとしていた。そんな時、擬態獣が種子島を襲った。唯一ゴオの秘密を知る静流は1人で戦闘に向かう。静流の勇姿に立ち直るゴオ。しかし、最後の最後に静流は敵から激しい攻撃を受けてしまう。

杏奈がダンナーベースを後にして1週間が経過したある日、世界各地で擬態獣が大量発生したというニュースが流れる。すぐにベースに戻ろうとする杏奈だったが、街は混乱しあらゆる交通手段がストップしていた。ヒッチハイクで近くまで辿り着いた杏奈のもとにゴーダンナーが駆けつけるが、その後ろにはネオオクサーが…。