バトルスピリッツ ソードアイズ

石の大陸パシフィスで、老鉱夫マサムネと暮らす少年ツルギは、不思議な紋章入りカプセルと剣を見つける。剣を手に取ったツルギの右瞳に謎の紋章が灯ると、剣は弾け飛び、ソードブレイヴのカードに変化。そのカードを持って登校したツルギは、謎のカードバトルドロイド、スティンガーに襲われる。ツルギは生まれて初めてのバトルを買って出る。

「闇皇ナインテイル・ダーク」とともに現れた少年は、アトランティアの王こと白夜王ヤイバを名乗る。「お前の力は余のものだ。1日も早く、余の下に来るがよい」とツルギに告げ、アトランティア王宮に帰還した。そして、ヤイバはすぐさま「闇のソードアイズ」を招集する。

船の中で、キザクラ率いるスイーツメイツと出会うツルギ。ブリンガーは、キザクラが光の黄色のソードアイズと判り、ツルギが光の赤きソードアイズだと明かす。アトランティアに入ったツルギは、王宮に連行され、王妃の行方を賭けて、ヤイバとのバトルに臨むことに。

ヤイバの城から逃げたツルギは、ブリンガーが動けなくなり立ち往生。辿り着いたのは、下町カマータ。そこで出会った凄腕技師ソラは「光の青きソードアイズ」だった。その頃、ヤイバは、王妃グレナダに弟のツルギが現れたと伝える。

ブリンガーは、ヤイバに対抗するためともに旅立たねばならないとソラに訴えるが、ツルギは関係ない人たちを巻き込めないと止める。そこへ大臣ガルドスが町を空爆。ソラは、闇の紫の使い手のザルドーとのバトルに挑む。

ツルギは緑の剣を持つ刀鍛冶を探してウィリディス山へ入る。ハガクレは、裁きの神剣を手に入れ、手っ取り早く上級忍者になりたいという。そんな二人の前に刀鍛冶カナチが現れ、キザクラも来て、ソードブレイヴの在処を聞き出す。そこへゴーディが襲撃してきた。

ゴーディに闇の緑のソードブレイヴを奪われたツルギは焦る。だが、神の使者と名乗るジャスティス立花は、ゴーディにバトルで勝つ自信があれば行くがいいと言い放つ。カチンときたツルギはジャスティス立花にバトルを挑む。

ツルギの前にキザクラが現れ港の食堂に連れ出す。おかみによると、昔のゴーディはワルだったが、ソードアイズと認められ、アトランティア王家に仕えるようになったという。ゴーディのことを誇らしげに想う港の人たち、そこへゴーディの飛行艇が飛来する。

ハガクレとソラとロンがツルギたちに合流。皆がいるフルーツシティにリローヴと、スオウが現れる。全ての命に力をくれる魔法の木を知らないかと尋ねるスオウに、ハガクレは、その木、緑神の霊木が故郷コルガ村の近くにあると教える。

スオウを助けるため、ソラの飛行船でハガクレの故郷にある緑神の霊木へ向かうツルギたち。緑神の霊木の前まで来たスオウは、命をおくれと頼むが、スオウを始末すべくリローヴが現れる。そこにツルギたちも駆けつける。

光の黄色のソードブレイヴを探して、メガラニオンのゾンネンブルーメ（国内最大のひまわり畑）を訪れるキザクラたちは、初めて上空から見たその風景に驚く。そしてキザクラのソードアイズにソードブレイヴが反応するとツルギたちは驚きを隠せなかった。

ツルギたちは、大人気スイーツの注文がさばききれないキザクラたちの配達を手伝う中、一人のピエロと出会う。そのピエロが、スイーツを食べたのに代金がないと言い出すと、すかさずキザクラは人手不足を補おうと配達のバイト要員に雇う。

メガラニオンへのスティンガー配備を賭けたバトルでヤイバと対決するツルギ。一方、キザクラたちもアマレロの飛行艇に潜入して王太后グレナダに真意を問いかけ、グレナダはその問いに答える。

パシフィスに着いたツルギは幼馴染みとキクとマサムネに再会。キザクラたちを紹介した。戻ってきて良かったと思うツルギだが、その分、アトランティアの城下町の人たちが楽しそうじゃなかったことが気に掛かり、もう一度、アトランティアに行こうと決意する。

ツルギたちは、アトランティアに到着すると、ガルドスに見つかってしまう。しかし、ガルドスは彼らを捕まえず、秘かにGPS端末の銀糸を疾風丸につけて泳がせる。それはヤイバの命令だった。

年に一度の白夜の日。ツルギたちは、キザクラとソラとロンに再会。その日はヤイバの誕生日で、祝いの放送に王太后グレナダが登場。ヤイバも登場して、首都は歓呼で迎えるが、王家に反感を持つカマータの人々の反応は冷たかった。

カマータに来たゴーディは、リローヴがスオウを追うために使っていた疾風丸の羽根を握り潰すと、アトランティアの王宮に来いと強制する。王宮に連れて来られたリローヴは、アトランティアでの行動の自由をヤイバに求める。

スオウからの手紙が届き、ツルギたちはチュン氏の大邸宅を訪問。旧式ドロイドをスティンガー並みに引き上げる新チップを開発したというチュン氏は、ヤイバに売り込むため、ブリンガーに実験台になって欲しいと頼む。

チュン氏から、ブリンガーが捕ったと聞いたツルギたちは、王宮に乗り込もうとするが、城門のバリアに阻まれてしまう。一方、キザクラは、ハクアの溶けない氷を利用して、王宮に入り込もうとする。

「仲間になりなさい」というグレナダの真意が、理解できないブリンガー。そのブリンガーの前にガルドスたちが来て、電子頭脳の書き換えを求めてバトルを要求する。その対戦相手にブラウが名乗り出る。

マサムネはクリスタルドラゴンをツルギに渡してパシフィスへと帰った。そのツルギの元へ、ヤイバに捕まったブリンガーの居場所を突き止めたハガクレが戻ってくる。ツルギはブリンガーの救出を決意する。

光と闇のソードアイズたちの戦いに無関心を決め込むハクア。一方、廃工場にいたツルギとスオウは、ブリンガーからヤイバとツルギの父である先代アトランティア王の話とアトランティアの歴史を学ぶ。

氷の大陸ザムーラの白き騎士の城塞に到着するツルギたち。そこに現れた考古学者のルベルは、英雄ヴァルガスがかつて十二人のソードアイズを集めて、戦いに明け暮れる世界を救おうとしたことを話す。

ハクアは光の白きソードアイズだったが、彼に渡されるべきソードブレイヴは、盗賊ルベルが奪い去った。ザムーラの街で見つかったルベルは、バトスピでの勝負を持ちかける。

反乱を画策した敵、影法師の正体を暴くため、ルベルは14年前の生き証人ルベル本人と王太后グレナダの交換を提案する。その交換場所に来るヤイバだが、取引に応じる気はなく、秘かにゴーディを動かす。

ツルギの母グレナダと赤の軍の残党ルベルの交換の時に、突然ブリンガーがツルギを裏切る。仲間と母の自由を賭け、バトルを挑むツルギ。ヤイバはその相手をブリンガーに命じた。

ツルギと王太后グレナダが幽閉され、捕まった赤の軍のルベルもガルドスの尋問を受ける。そんな中、キザクラの杖の宝玉がこの世のものではないと判明し、ヤイバは地下牢に捕らえていたキザクラ達を召し出す。

ツルギを連れてくる約束で解放されたキザクラは、疾風丸と再会する。また、根の国ストークでツルギに右目のソードアイズが消えたことを教えた妖しい光の主は、白の騎士ヴァルガスの幽霊だった。

再起の日を待っていたマルス達の赤の軍は、王国の第二王子ツルギに忠誠を誓う。一方、アトランティアの地下牢で囚われの身のソラとハクアは、脱出を試みる。その頃、ツルギとマルス達は、ストークに現れたリローヴに見つかる。

ツルギは、左目を押さえてブリンガーを感じ取り、ブリンガーもツルギの気配を感じる。緑神の霊木を介して、互いのメッセージを受け取り合うスオウとツルギ。そのおかげでゴーディの村で仲間と再会したツルギは復活したブリンガーに会い喜ぶ。

仲間と再会したツルギは、ブリンガーに移っていた光の赤のソードアイズを取り戻す。そこにマルス達が捕まえたゴーディを連れて来る。砂時計の期限まで猶予があると確認したツルギは、ゴーディにバトルをもちかける。

アトランティアの王宮に一人で乗り込んだツルギだが、ソラとハクアは操られてヤイバの配下になっていた。自分がヤイバの仲間になるから、母グレナダを解放して二人を元に戻せと訴えるツルギだが、ヤイバは応じない。

キザクラたちは、各地で起こっている怪現象の情報を集めていた。オーロラのせいかもと言うスオウ。ハクアを操った黒幕がガルドスだと聞いたゴーディは、探索のため王宮に戻る。そして、アマレロは父の部下だったマルスたちと再会していた。

離宮から脱出したグレナダは王家の墓に向かう。そこにはキザクラと同じ宝玉の杖があった。一方、ハクアの工場に戻ったハガクレは、故郷のコルガ村がアトランティア軍に襲撃されたという手紙を受け取る。

レムリオンにハガクレたちが到着。コルガ村から迎えに来たコノハと出会う。村ではアトランティア軍のカードバトラーと、100対1のバトルが続けられていた。

アトランティアの使者が、コルガ村を賭けて100人抜きバトスピ勝負を挑んできた。一方ツルギは国のことを知りたいとヤイバに求め、亡き父王の部屋に案内されていた。

ガルドスの正体を探るゴーディとハクアは、アトランティアの前王とガルドスの出会いの場所、神剣の岩山を訪れていた。一方スオウはリローヴとともに、根の国ストークの中心・死者の森に移動していた。

アトランティアの王宮地下では巨大な方舟が作られていた。方舟をツルギに見せたヤイバは父アトライオス王とガルドスと神剣の岩山に登った際のことを話す。父はその後、病で亡くなり、自分が王座についたという。

アトランティアの王宮に残ったツルギは、ブリンガーとともに新しいデッキを完成させる。ツルギは再びヤイバに勝負を挑むが、ヤイバはそれに応えない。かわりにヤイバは世界の真実をツルギに明かす。

ツルギとヤイバがいるアトランティアの王宮にグレナダ、光と闇のソードアイズたちが集まった。ヤイバはガルドスの正体に気づき、その狙いを探るために傍に置いていた。そして遂に証拠を得たヤイバはガルドスを断罪する。

バトルに敗れたガルドスは消えた。しかし、ガルドスが簡単に死んだとは思えないツルギ。双眼のソードアイズの力でスオウの危機を察知したツルギは、ストークへスオウを探しに向かう。

ブラウからアトランティアの泥棒市場にスオウがいると聞いたツルギは探しに行く。スオウを見つけ、一緒に来てくれと頼むツルギ。しかし、スオウはそれを拒む。

裁きの神剣は、神聖なる岩山での招来の儀式で出現するという。その儀式の前に、ツルギたちはヴァルガスと弟のガルドスが暮らしていたザムーラの白き騎士の城塞に立ち寄る。その時、大地を揺るがす地響きが始まる。

裁きの神剣を人間が使うため、バトルで砕けるライフを捧げる12人のソードアイズ。ツルギはブリンガーとのバトルで、バトルに賭けられているものが、人間の明日だと気づく。

裁きの神剣を手に入れ世界支配を目論むガルドス。そのガルドスの前に兄ヴァルガスの魂が現れ、力による破滅を説き自重を呼びかける。

神の罰を怖れず自らの正義に従って動くというジャスティスとボンバー。しかし、ギャラクシー渡辺は神を裏切るという決断が出来ないでいた。マルスたちと合流したツルギたちは、サモハン工房に身を寄せ、ソラは破壊されたブリンガーの大修理を買って出る。

短冊と短冊を飾るボードを作ってもらったツルギは、子供たちに未来の夢を書いてもらう。ソードアイズたちも自分の願いを書き込む。ガルドスを倒す決意を新たにするツルギだが、お前の実力では無理だとヤイバはいう。

消えた筈のギャラクシーとボンバーとジャスティスだが、その姿はサモハン工房にあった。しかし彼らは神から授かった力を失っていた。ガルドスは、自分だけ助かりたいという人のエゴに呆れ、神に対し、この世界も失敗だったと宣言する。

ツルギはガルドスに、全人類の命運を賭けたバトスピを挑む。スオウたち、ソードアイズは各地の方舟に乗り込み、ガルドス配下の武装スティンガーを退治して、地上に残った人々を救助しようとする。

ガルドスとツルギのバトルが一進一退の攻防を繰り広げる中、ジャスティス立花らはキザクラたちに協力して各国住民の方舟収容を急がせる。また最大出力のブリンガーは神の鉄槌を押し上げようとする。