ゾイドバトル！
巨大なゾイドを自在に操り、華麗な戦いを人々に見せる競技のことだ。
その競技者であるズィーファイターは、人々の憧れの的だった。
ブルーシティに暮らす少年RDは、父が残してくれたゾイド・ライガーゼロに乗り、
バトルリーグで戦うズィーファイターだ。ズィーファイターとしてトップクラスに入り、
その賞金で父が言っていた伝説のゾイドを探し出す。それがRDの夢だ。
だが、バトルリーグに出場するのも楽ではない。試合のエントリー料を稼ぐため、
所属チーム・マッハストームの仲間と共に、何でも屋家業を続ける日々……。
そんな彼らの前に、ゾイドバトルを一新する「ユニゾンゾイド」が現れる。
「ユニゾンゾイド」は、複数のゾイドが合体することで、通常の何倍もパワーアップすることができるのだ！
そして、ライガーゼロが「ユニゾンゾイド」だったことから、RDたちは次々と現れる強敵ゾイドと戦うこととなる。
そして、サンドラ率いるチーム・サベージハンマーに所属する、
RDのライバル・ブレードとの因縁の対決。
その過程で見えてくる巨大な組織の影！
「ユニゾンゾイド」に隠されたブルーシティを巡る陰謀とは！？
強力なゾイドたちに勝利し、RDは組織の陰謀を阻止することができるのだろうか！？