サムライの道を目指して、父、剣十郎とジャングルで暮らしていた鉄刃（くろがねやいば）。ある日、日本に帰国し、父・剣十郎のライバル峰雷蔵とその娘さやかの家に居候をすることに。さやかと同じ高校に通うことになった刃の前に宿命の敵となる鬼丸が現れる。鬼丸は「風神剣」に魅せられ、悪の化身と化したのだ。刃は打倒鬼丸のため、脅威の力を秘めた魔剣「雷神剣」を持つ怪老人・宮本武蔵の元に向かい、厳しい修行を開始。
刃は、「雷神剣」を狙って次々と襲いかかってくる鬼丸の刺客・“八鬼”を破っていく。必殺「かみなり斬り」をひっさげて、ついに鬼丸城に攻撃を仕掛ける刃たちは、見事鬼丸四天王を倒し鬼丸と一騎打ちとなるが、刃は戦いの最中に「雷神の玉」を奪われてしまう。一方、鬼丸も戦いで風神剣が折れてしまい、勝負はつかずまま逃げられてしまう。
偶然、さやかの家から日本全国にちらばる伝説の玉の地図をみつけた刃は、空中を自由自在に飛び回れるという「龍神の玉」を求め仲間と冒険の旅に出た！