メイクーモンの暴走、そして、起きてしまったリブート。
苦悩する芽心を残し、太一たちはデジタルワールドへと向かった。

再会したパートナーデジモンたちは、今までの記憶をすべてなくしている。
それでも再び絆を築いていこうと、手を差し出す選ばれし子どもたちと、応えるデジモンたち。
ところが、ピヨモンだけが、成長期に進化してもなお警戒心をあらわにする…

「だから昔のことなんて知らないってば!」

自分のことよりも先に他人を思いやる空の優しさに、かえって不信感を抱いたのだ。
傷つき立ちつくす空に、太一とヤマトはかける言葉を見つけられない。

デジタルワールドでこの先どうすべきか―
相談していた一同の前に、突如メイクーモンが姿を現し、そして消えた。なぜか元の記憶を残し、芽心を探し涙を浮かべさまよいながら―
その姿を見て、子どもたちはメイクーモンを救うためにデジタルワールドを旅する決意を固める。だが、彼らの前に、ダークマスターズを従えたあの男が姿を現すのだった。

その頃、現実世界の西島は、姫川が失踪したとの報せを受けていた。
調査する彼は、姫川のこれまでの行動の裏に、ある目的が隠されていたことを突き止める。
それは、二人の運命を決定づけた過去の出来事へとつながっていた…

今、再び　冒険が進化する―