２００８年――謎の勢力の出現により、アニメ、ゲーム、マンガ、音楽、鉄道、コスプレなどあらゆるオタク文化が排除された日本。グッズは収容され、保護の名のもとにオタクが弾圧されても、人々は自我を喪ったかのように疑問を持たない。秩序維持を担う組織『ＳＳＣ』に蹂躙され、オタクは滅びたかに思われた――だが、封鎖されたアキバを奪還し、反旗を翻す者たちが現れる。若き革命者『オタクヒーロー』――何よりもオタク文化を愛し、誰よりもアキバを愛する男。そして彼を慕う３人の魔法少女たち――『アナーキー』『ブルー』『ピンク』。２０１１年の日本を舞台に、自由の旗のもとに集ったオタクたち――アキバ革命軍は、ＳＳＣ首領『ＳＨＯＢＯＮ』との壮絶な戦いに挑む。混沌も秩序も破壊して、好きなものを好きなだけ好きといえる世界のために。