アルファモンが出現してから時は流れ、お台場の街は少しずつ復興が進んでいた。

「日本に帰ったら、絶対大きいお風呂に入ろうって決めてたんだ!」

ミミの一声もあり、新たに仲間に加わった望月芽心とメイクーモンを歓迎するために

選ばれし子どもたちは近所の温泉テーマパークへ。

楽しいひと時を過ごす一同だったが、そこに丈の姿はなかった。

大学受験という目の前にある現実と、

「選ばれし子ども」であるという責任の間で煩悶する丈。

「なんでまた、僕達がやらなきゃならないんだ?」

そんな折、またしてもお台場に感染デジモンが現れる。

それはあの誇り高きウィルス種、オーガモン―

暴走するその姿をTV局のヘリコプターが中継する中、

立ち上がるミミとパルモン。

「いいデジモンもいるってことを、はっきり分からせてあげる!」

しかし、光子郎の制止を無視したミミとパルモンの戦いは、予想外の結果を招くのだった―

それぞれに悩みを抱える丈とミミ。

月島総合高校の文化祭当日、

そんな二人の前に、あの男が現れる―

今、再び 冒険が進化する―