主人公・切札勝（ジョー）は絵を描くこととデュエマが好きな小学4年生。クリーチャーを生み出す能力を持つ“しゃべるデッキケース”ことデッキーと相棒「ジョーカーズ」を生み出し、ライバル達とのデュエルに挑む！ ある日、クリーチャー世界の一つ「自然文明」世界へと偶然迷い込んだジョー。そこにはまだ見ぬ脅威「闇文明」からの侵略と闘う、クリーチャー四天王の姿があった。自然文明世界でトラブルを起こしてしまったジョーは四天王から敵と見なされ、デュエルで闘うことに…!? 自然文明を舞台にジョーの新たな物語が幕を開ける!!