コレクター・ユイとコレクターズの活躍によりホストコンピューター「グロッサー」の人類支配の野望は阻止された。ユイは一人で変身できる改良型のコムコンを犬養博士に作ってもらうが、何者かに盗まれてしまう。平和が戻ったコムネットだったが、今度は「バグルス」という正体不明のウイルスがコムネット内の各所に出現して大騒動を巻き起こす。初めての敵に苦戦するユイたちの前に「アイ」と名乗るもうひとりのコレクターが現れた。バグルスを追うユイたちは、バグルスがネット内で「迷子の少女」が目撃されたときに発生すると気づく。バグルスはなぜ発生するのか、そしてユイたちと同じくバグルスを追うコレクター・アイの目的は何なのか。ユイは隣に引っ越してきた篠崎愛がアイではないかと疑う。