蝉の声が聞こえる中で繰り広げられる日常の風景。そんなツツジ台の静寂は、怪獣の声によって破られた。響裕太は内なる声に呼ばれ、ハイパーエージェント・グリッドマンと一体化する。グリッドマンとなった裕太は苦戦しながらも倒すことができた。
裕太のクラスメートの内海将、宝多六花はグリッドマンの誕生に立ち会ったことで、３人はグリッドマン同盟を結成する。しかし、３人は翌日驚くべき現実に直面した。人々から怪獣の記憶が消され、犠牲になった人々はそもそも存在しないことになっていたのだ。
裕太たちはグリッドマンとともに、この世界に迫りくる危機に向かっていくことを決意する。ツツジ台に隠された秘密とは？　そして怪獣を操る者の目的は？