キミと僕の最後の戦場、あるいは世界が始まる聖戦 Season Ⅱ

アリスとともに帝国と皇庁の謀略を打ち破り、シスベルを守り切ったイスカたちは、アルサミラでの休暇を楽しんでいた。ところが、シスベルは皇庁へ帰還しておらず、休暇中のN07部隊に王宮までの護衛を依頼。イスカたちは願ってもない報酬を提示される。一方、アリスはシスベルの新たな護衛がイスカではないかと胸騒ぎを覚え……。

リースバーテンでイスカと偶然の再会を果たしたアリスは、彼が皇庁にいる理由を探るため、燐とともに尾行を開始する。図らずも、捜索対象者のシスベルがイスカに接触。二人の雰囲気はまるでデートのようで、真面目な尾行のはずが、アリスはイライラを募らせていく。追い打ちを掛けるかのように、二人の距離が急接近して……。

暗殺未遂事件の犯人が次に狙うのは、事象を再現して犯人を特定できる星霊を宿すシスベルかもしれない。警戒を強めるイスカたちは、ホテルに潜伏してミラベアとの謁見の機を待つほかなかった。ところが、ホテル付近で大きな爆発が発生。シスベルが状況を再現しようとすると、再現中の“影”と同じ人物が襲いかかってくる。

王宮に帰還したアリスは、ミラベアのもとへシュヴァルツが来ていないことを知らされる。事態を憂慮するアリスとミラベア。イリーティアは、シスベルを早急に迎えに行くべきだと訴え、その役目を自らが引き受けようとする。一方、度重なる心労で高熱を出したシスベルは、ここぞとばかりにイスカに甘えはじめ……。

イリーティアに招かれ、イスカたちはルゥ家の別荘・エルツ宮を訪れる。姉を警戒し、イスカを連れて盗聴器の有無を調べるシスベル。アリスの寝室まで調査することになり、イスカはドキドキが止まらない。当のアリスは禁断の秘密を知られまいと、エルツ宮へと急ぐ。三王女が揃うとき、イスカの受難が始まる……!?

アリス不在のタイミングで、王宮が帝国軍に攻撃された。イスカを信じたいアリスは、屋敷から出るなと忠告して王宮へ向かう。イスカたちはアリスの行動を再現し、事態を確認。しかし、イリーティアの牽制によってエルツ宮から動けないところを何者かに襲撃されてしまう。救援に現れたのは、ヒュドラ家の当主タリスマンだった。

イスカが対峙するのは、不可視の波動を操るタリスマン。「暴虐」の二つ名に相応しい強烈な攻撃は、イスカの機動力を以てしても振り切れず、苦戦を強いられてしまう。シスベルを連れたジンたちもまた、「白夜の魔女」グリューゲルの執拗な追跡を振り切れずにいた。そして、皇庁では使徒聖と純血種の壮絶な戦いが幕を上げる。

冥に倒されたかに見えたが、再び立ち上がるキッシング。仮面卿と璃洒、グロウリィとネームレスも互角の戦いを繰り広げていた。各地で一進一退の攻防が続く中、タリスマンは目的を遂行したと告げ、その場を立ち去ろうとする。なんとしてもここで決着をつけたいイスカだが……エルツ宮に凶悪な星霊の力が迫ろうとしていた。

此度の襲撃で帝国への憎しみを募らせるアリスの前に、ヴィソワーズを追うイスカが現れる。もはや好敵手という生ぬるい関係ではいられない。アリスはイスカを皇庁に仇なす帝国人であると見なし、非情な覚悟を以て宣戦布告する。……そしてその戦いを眺め、嘆息する男が一人。魔人サリンジャー、この男もまた二人と似た運命を辿ってきた。

ヒュドラ家の狙い通りに事態が進み、街中では刺客が目を光らせるようになった。イスカたちはルゥ家の従者たちにセーフハウスへと案内され、シスベル救出を彼女たちに誓う。一方、アリスが女王代理として膨大な事後処理に追われる中、ミラベアがついに目を覚ました。アリスはヒュドラ家以外にもう一人、黒幕がいると明かす。

イスカとアリスたちによるシスベル救出作戦が動き出す。監禁場所としてアリスが目星をつけたのは、ヒュドラ家の研究施設「スノウ・ザ・サン」。タリスマンが施設に不在となる三王家の血族会議に合わせて、アリスがタリスマンを足止めし、N07部隊が潜入することに。イスカは燐の忠告に従い、ヒュドラ家の王女ミゼルヒビィを警戒するが……。

ミスミスたちを退かせ、ミゼルヒビィと対峙するイスカ。彼女の星霊「光輝」によって膨大な星霊エネルギーを与えられた兵士が、規格外の火力でイスカに迫る。時を同じくして、サリンジャーが「スノウ・ザ・サン」に出現。ヴィソワーズが迎え撃とうとするが……。混乱を極める中、イスカたちは無事にシスベルを救出できるのか。