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葦中学園高校は、島が丸ごと高校の敷地になっている変わった学校である。その屋上で、シロこと伊佐那社は、一匹の仔猫と共に昼食をとっていた。昼食後、クラスメイトのククリ(雪染菊理)から学園祭の買い出しを頼まれたシロは、橋を渡って街へと向かう。だがそこでなぜか強面の男たちから追われるはめになり――。

シロの前に現れた夜刀神狗朗と名乗る少年は不思議な体術を使い、シロの窮地を救ってくれたかにみえた。だが、彼もまた身に覚えのない理由でシロを殺そうとする。シロはとっさの機転で彼から逃げ出すが、夜刀神狗朗は学園島の寮まで追いかけてくる。一方、シロと共に行動していた子猫が突如、美少女に変化して――。

一時休戦してシロの部屋で朝食を取っているシロとクロ。それに謎の美少女、ネコ。シロはそこで“王”と呼ばれる超常の存在と彼らが率いる異能集団“クラン”の話を聞かされる。またシロは自分が赤の“クラン”のメンバーを殺した濡れ衣をかけられたことも知った。シロはとにかく身の潔白を主張するのだった。

シロを七人の《王》の一人、《無色の王》と呼ぶクロ。もし、十束多々良殺害事件の濡れ衣が晴らせない場合は彼に斬られてしまう。学園内を歩き回り、自らのアリバイを証明しようとするシロ。脳天気にそれについて回るネコ。一方、その頃、《青のクラン》と《赤のクラン》はそれぞれシロの手がかりを得て……。

アリバイを証明できたシロだったが、自室のクローゼットの奥に、返り血がついたワイシャツを発見する。シロは動揺を隠し、クロやネコと共に文化祭の買い出しのため街に出る。同じ頃、《セプター4》の淡島、伏見と吠舞羅の八田、鎌本が学園島に乗り込む。因縁を持つ八田と伏見はそこで互いの姿を認めるのだった。

《赤のクラン》、《青のクラン》は共にシロの存在を確認することが出来なかった。シロもまた自分の身元に疑問を抱いていく。一方その頃、バーHOMRAに《セプター4》副長、淡島が訪れる。草薙の口から語られるチーム吠舞羅の絆。謎に包まれていた事件の全容が今、少しずつ明らかになっていく。

どんなに探しても自分の過去を証明することが出来ないシロ。クロと連れ立って実家を訪れるが、そこにはスタジアムが建っていた。伊佐那社という人間は存在しなかったのかもしれないと呆然とするシロ。その時、二人の身柄を拘束しようと、淡島ら《セプター4》が現れる。ついに《青の王》、宗像が動き出す。クロは宗像を抑えられるのか。

ネコによる術を解かれ、シロは自分の記憶と向き合う。蘇ってきたのは、ネコとの出逢い、そして高笑いする謎の男に飛行船から突き落とされる場面だった。それ以上のことは思い出せないシロだったが、ネコとクロの存在に励まされ、記憶を取り戻そうと決意。三人は《青の王》宗像と接触を試みる。

シロの提案に応じた《青の王》宗像は、飛行船の男こと《白銀の王》アドルフ・K・ヴァイスマンの身柄を拘束しようと動く。しかし、《白銀の王》は自ら飛行船を爆破し、墜落させた。翌日、飛行船からは《白銀の王》の死体が発見され、宗像は《黄金の王》の元を訪れる。一方、留置場に拘留される周防に接触するものが……。

《青のクラン》の独房に入る《赤の王》周防に、謎の人物から接触があり、十束を殺したのは自分だと煽る。探していた人物を見つけた周防は、能力を使い独房を脱出すると、赤のクランこと吠舞羅を率いて葦中学園島を占拠するのだった。駆けつけた《セプター4》とのにらみ合いが続く中、宗像は秘密裏に周防の説得を試みる。

葦中学園島を占拠する《吠舞羅》、島と陸を結ぶ橋に控える《セプター4》は、互いの出かたを待ちながら、一触即発の空気のまま一夜を過ごした。しかし翌朝、突如爆発が起こり、二つの勢力はついに衝突してしまう。その頃、学園が《赤のクラン》に占拠されたと聞きつけ帰還したシロたちは、戦場になった校舎でククリと再会する。

激化する赤と青の抗争。そして、ついに周防と宗像の決闘が始まる。一方、ククリの中に潜む《何か》によって精神干渉を受けたとき、シロは謎の光に包まれ、茫然自失状態に陥ってしまう。やがて光が収束した時、シロは記憶のすべてを取り戻し、自らを《白銀の王》、アドルフ・K・ヴァイスマンだと名乗った。

《白銀の王》としての記憶と力を取り戻したシロは、ネコの協力の元、学園の生徒はもちろん、赤と青のクランズマンたちも学園の外へと誘導した。そして、クロと共に、暗躍する《無色の王》と決着をつけんとする。白熱する周防と宗像の戦い。刻一刻と崩れていくダモクレスの剣! 一同に介する四人の王の運命は!?