エルフェンリート

とある施設に拘束されていた新人類・ルーシーは、ある日偶発的事故がきっかけで警備員たちを殺害し脱走する。一方、大学入学のため鎌倉へやって来た大学生・コウタは、幼馴染のユカと再会。二人は由比ヶ浜で、「にゅう？」としか話さない不思議な少女と出会う。彼女を「にゅう」と名づけ、部屋へと連れて行くが、その少女こそ・・・・・・。

コウタを怒らせ、楓荘を飛び出したにゅうは、ルーシー確保のため派遣された特殊部隊の坂東に発見される。にゅうを探すコウタを気絶させ、対決に臨む坂東だが、手ごたえのないにゅうにがっかり。しかし、その時にゅうのなかのルーシーが目覚め･･････。そしてそれを一人の少女が見ていた。

ルーシーの逃げ出した研究所では、蔵間がナナと対面していた。ルーシー捕獲をナナに依頼する蔵間。一方楓荘では、古いオルゴールの音色を聞いたにゅう（ルーシー）に異変が起きていた。楓荘を飛び出したルーシーは、ナナと遭遇する。

ルーシーを探し出したナナは、研究所に連れ戻そうと戦いを挑む。ルーシーとナナ、ディクロニウス同士の戦いが始まった。ベクターの長さで勝るナナは、ルーシーを苦しめる。しかし、二人の戦いを見ていたマユが止めに入った瞬間･･････。

ある朝、マユの部屋を訪ねたユカは、マユが出て行ったことに気付く。コウタとユカはマユを楓荘で引き取ろうと決め、探し歩くが、その頃マユはあてもなく歩き続けた海岸で、飼い主だという女性にわん太を連れて行かれてしまう。一方、学生達の中にルーシーを発見した角沢教授は、ある計画を実行しようとする。

復讐に燃える坂東は、ルーシー追跡のため病院から脱走する。一方、コウタは角沢教授に引き取られたにゅうの事が気になり再び大学へ。しかし、教授室に教授もにゅうもいなかった。助手の荒川に連れられ教授室地下の実験室へと向かうコウタ。そこには･･････？

海岸に漂着したナナと遭遇した坂東。ナナの角を見た坂東は、ルーシーの居場所を聞き脱すべくナナに銃を向ける。それはナナのベクターでは弾けない、特注の50口径タングステン弾だった。坂東対ナナの対決が始まる。一方、蔵間がナナを逃がしたことをしった角沢長官は･･････？

マユに楓荘に連れていかれたナナは、目の前にいるにゅうをルーシーだと思い攻撃を仕掛けてしまう。それを見ていたコウタはナナを殴ってしまった。マユにいきなり人を殴るのは悪い事だと論されたナナは、研究所とルーシーの事をマユに話し始める。ルーシーの恐るべき過去とは･･････？

幼少期、隠れて飼っていた子犬を施設の子供たちに惨殺され悲しみに暮れるルーシーはコウタと出会う。少しずつコウタに惹かれていくルーシーだったが、楽しい時間は短かった。コウタが帰る最後の日、告白しようと会いに行ったルーシーは、コウタが女の子と一緒にいるところを見てしまう。

再会したルーシーとナナ。一方的に攻撃を仕掛けるナナに対し、ルーシーは冷静にベクターをナナに向ける。だが、ナナを攻撃させまいとマユが身を挺してルーシーに抱きついた。マユの決死の行動に呆然とするルーシーは、その泣き顔に幼き頃のコウタを思い出し、にゅうに戻ってしまう。

最強のディクロニウスであり、蔵間の実の娘でもあるマリコ。角沢長官は研究所の最深部に隔離されているマリコをルーシー捕獲の為に開放する。しかし、本能的に人間を殺すマリコを協力させるのは容易ではなく、体内には爆弾が到る所に仕掛けられていた。命令を聞くしかないマリコはルーシー捕獲の為、研究所を発つ･･････。

まるで昆虫の羽をむしるみたいに、血まみれのナナの手足を奪っていくマリコ。それは子供特有の残酷な無邪気さでもあった。マリコを止める白河。だが、マリコはナナに無数のベクターを放ち、とどめを刺そうとする。そこにナナを探していたコウタが現れる。その場の状況に驚きつつ、ナナに駆け寄るコウタ。マリコのベクターがコウタに向かって放たれる･･････！

真っ赤な夕空の下、累々と倒れていく屍。コウタは全てを思い出し、ルーシーを問い詰める。しかし、ルーシーは何も語らない。その時、坂東の銃がルーシーに照準を定めていた。コウタを残し一人海にダイブするルーシー。そして研究所施設にたどり着いたルーシーはマリコとの最後の戦いに挑む･･････。

家事も上手く出来ずにゅう（ルーシー）とも打ち解けることの出来ないナナ。楓荘に居づらくなったナナは偶然出あった坂東ににゅうの事をしゃべってしまう･･････。ルーシーが研究所に捕えられた過去が語られるオリジナルエピソード。