多くの謎と衝撃に包まれた前シリーズの最終回。
横浜の街が大混乱に陥ったあの事件から三カ月が経ち、カフェ・ノーウェアの面々にも日常が戻っていた。そんな中、ムラサキは、はじめとコンビを組み、再び探偵を始めていた。

まさかの再登場を遂げたかと思えば、旧知のナイスに銃口を向けたアートの真意とは・・・!?
アートとハマトラの関係はどうなっていくのか・・・!?
アニメーション制作スタジオにLercheを迎え、ロゴも新たに生まれ変わった「Re:?ハマトラ」。
前シリーズで、悩みや葛藤を抱えたキャラクターたちが辿り着く応え(リプライ)、そして闇に包まれた謎が、ついに明らかになる!