BLUE SEED

神話のふるさとである島根県出雲市に住むごく普通の中学生の少女、藤宮紅葉の前に「荒神」と呼ばれる謎の怪物が現れた。実は、紅葉は自らが人柱になることで荒神を封印することができる「奇稲田」一族の末裔だったのだ。奇稲田の持つ人柱の効力を封じ込めることが可能だと知った荒神は、紅葉を抹殺しようと襲いかかり…。

松に寄生した荒神「ヤマタノオロチ」に襲われた紅葉だったが、その危機を荒神であるはずの草薙護に助けられた。草薙の目的は、紅葉を殺し荒神を根絶して己が運命の呪縛から逃れることだった。だが、紅葉の姉である楓の姿を彼女の中に見た草薙は躊躇する。そのすきをつかれた草薙は、紅葉と共にオロチに囚われてしまい…。

島根県出雲市を離れて東京での新生活がスタートしたものの、突然背負わされた人柱という運命に、紅葉は戸惑いを隠せなかった。しかし、紅葉は自分なりに運命に立ち向かっていく決意を固めていくのだった。そんな時、紅葉を追って東京にも荒神が出現し、紅葉は国土管理室のメンバーたちと共に荒神と闘おうとするが…。

都内各所の水源で不可解な事件が発生した。国土管理室のメンバーとなった紅葉は、同じくそのメンバーの沢口小梅と組んで事件の調査を命じられる。初めての任務に張り切る紅葉だったが、紅葉のお守りをさせられる小梅は機嫌が悪かった。そんな小梅の気持ちも知らず、はしゃいだりドジったりの紅葉に小梅は大爆発して…。

生物学者の松平梓は息子の順との約束も忘れて研究に熱中する有様だった。今も魂を持つ紅葉に大いに興味を抱いていた松平。しかし、紅葉を実験の対象としか見ていない松平の態度に憤りを覚えた草薙は、実験をやめなければ順を殺すと松平を牽制した。だが、それでも研究を続けようとする母親に、順は悲しみを募らせて…。

荒神に捕らえられた国土管理室のメンバーである竹内涼子と小梅を助けようと、同じくそのメンバーの八重樫良樹はランチャーで攻撃しようとするものの、撃ち方が分からず右往左往していた。紅葉の活躍で二人は何とか助かるが、肝心の魂を取り逃してしまった八重樫。それが原因で皆に疎まれた八重樫は、自信をなくして…。

かつて奇稲田プロジェクトに参加していた木島の娘である由希子を誘拐した荒神は、奇稲田の力を封じる特殊セラミックのデータ公開を迫った。国土管理室はプロジェクト関係者の中に荒神と通じる者がいると判断して捜査を開始する。一方、由希子が誘拐されたことに自らの責任を感じた紅葉も単身、荒神の行方を追うが…。

応募した覚えのない「美少女アイドルスカウトキャラバン」の一次審査に合格した紅葉は、渋々予選会場のテレビ局へ向かった。同じ頃、陰陽師の山咲桜も荒神退治のために同じテレビ局に来ていた。桜は、荒神の気を感じて現れた草薙と連携して荒神を撃退するが…。

ある日、あまりの素早さに草薙が取り逃してしまった犬荒神の一匹が、死骸で発見される事件が発生した。草薙でさえ歯が立たない程手強い荒神を倒したのは一体誰か？ その疑問を晴らすべく残りの犬荒神を探そうとする草薙は、紅葉の魂の力を借りるために彼女を誘った。だが、紅葉はそれをデートと勘違いして…。

蛙の荒神が地下鉄を襲う事件が発生し、国土管理室のメンバーたちは直ちに現場に急行した。しかし、蛙荒神とは別の魂の気を感じて、それを一人で追った紅葉。その気の主は他ならぬムラクモであったが、彼の目的は依然として謎に包まれていた。そんなムラクモに気を取られていた紅葉は、蛙荒神の襲撃を受けてしまい…。

桜が紅葉の通う高校に転校してきた。いきなりボディコン姿で登場したり、派手な行動で相変わらずのお騒がせぶりな桜。だが、桜の真の目的はクラスメートの神林礼子を探ることにあった。どうやらその背後に荒神がいるようで、草薙も学校にやって来る。だが、草薙と桜が親しげに話す様子を見て、紅葉はヤキモキして…。

草薙は、楓を守ることができなかった自分を未だに責め続けていた。そんな時、ムカデ荒神が高層ビルに次々と抜け殻を巻きつけるという不可解な事件が発生した。その荒神を操っていたムラクモに戦いを挑むが、返り討ちにあってしまう草薙。重傷を負いながらも、草薙はやっとの思いで紅葉の元へとたどり着くが…。

紅葉の草薙に対する思いを知った国土管理室のメンバーたちは、効果的な告白方法はないかと思案していた。やがて八重樫が発案した驚くべき方法で告白することに決定する。そんな時、ムカデ荒神が抜け殻を巻きつけた三つの高層ビルの中心で事故が発生。現場に駆けつけた紅葉たちの前に草薙も現れ、いざ告白というその時…。

赤ん坊のスサノオを抱いた楓とムラクモが奈良に現れると、スサノオの気に触発されて巨大な杉荒神が目を覚ました。早速、国土管理室のメンバーたちは奈良に急行し、草薙も奈良に現れた。だが、荒神との戦いの最中に楓を見つけた草薙は、楓の後を追うように姿を消してしまう。紅葉はある願かけをして草薙の帰りを待つが…。

河童荒神による事件が発生した遠野へと向かった国土管理室のメンバーたち。そこで、メンバーたちは楓の中学時代の同級生だった弥生と出会う。弥生から聞かされる楓の面影に引け目を感じ、すっかり自信を失ってしまう紅葉。そして何より、楓が草薙に思いを寄せていたことを知った紅葉は、ショックを受けるのだが…。

旧友で民俗学者の大和根の死の報を受けた国土管理室室長の国木田は、若狭を訪れた。大和根の妻である若葉に会った国木田は、かつて日本の将来について熱く語り合った友が物質文明に遭遇する日本の姿に絶望していたことを知る。同じ頃、若狭では謎の不漁と立ち枯れが続き、住民は八百比丘尼の呪いだと恐れていて…。

全国各地で続発する立ち枯れ現象。その事件解決への焦りから連日働き詰めの国木田だったが、事件とスサノオとの関係を裏づけるために単身伊勢へ向かう。しかし、そんな国木田を気遣う竹内は、無断で伊勢へ同行するのだった。やがて荒神ヒモロギが伊勢に現れるが、その影にはムラクモと楓、そしてスサノオがいて…。

いきなり、学校を辞めると言い出した桜。そんな桜を心配した紅葉は国木田たちと彼女の自宅を訪れるが、そこに謎の女性が現れて彼女たちに攻撃を仕かけてくる。そして、強烈な光と共に現れた荒神ノヅチに飲み込まれてしまう紅葉と桜。そのノヅチこそ、かつて桜の母が命と引き換えに封印した荒神だったのだが…。

突然現れたオーロラに外部との接触を断たれてしまった街。その中に楓の気を感じた草薙はオーロラの中へ向かった。そんな草薙を追ってオーロラの中へ向かう紅葉。だが魂を持つ者しかオーロラの中へ入れないため、国土管理室のメンバーたちは見守るしかなかった。その頃、草薙は猫荒神の幻影地獄に苦しめられていて…。

立ち枯れに続き全国各地に謎の巨大根が現れ始めた。だが伊勢、高千穂、出雲の三カ所には何故か立ち枯れ現象さえなかった。そこでスサノオは高千穂におり最終目的地は出雲であると判断した国木田は、先回りして迎え撃つべく竹内、紅葉と共に出雲へ向かった。一方、草薙はスサノオの気を追って高千穂に向かっていて…。

ついにスサノオの最終目的地である出雲の岩戸を突き止めた国木田たちは、スサノオの儀式を阻止するべく万全の構えを取った。だが、それは国木田にとって娘である楓との対決を意味していた。同じ頃、ムラクモと遭遇した草薙は、宍道湖上空で激しい戦いを繰り広げていた。一旦は宍道湖に向かった紅葉だったが…。

草薙が死んだ…。だが、草薙の気を感じなくなってしまった今でも、紅葉はその事実を受け入れることができなかった。そんな中、相次ぐ異常現象に対抗策を失った政府は、ついに紅葉を人柱にすべく行動を開始する。国木田の機転で一旦は難を逃れたが、ムラクモの言葉で草薙の死を改めて思い知らされるに至った紅葉は…。

政府から紅葉を助けた国土管理室のメンバーたちは、自分たちで日本を守るべく密かに動き出した。一方、楓の不可解な言動に戸惑うムラクモは、紅葉を拉致して楓に詰め寄った。人間を滅ぼし荒神の王国を造ることがスサノオの目的と信じるムラクモに全てを語る楓。己の目的が果たせないと知ったムラクモは楓に刃を向けて…。

人口奇稲田パルスと紅葉のマツリで、皆既日食の時に始まるスサノオのマツリに対抗すべく準備をしていた国土管理室のメンバーたち。楓とスサノオに反旗をひるがえしたムラクモもそれを阻止せんと行動を開始する。一夜明け、決戦を翌日に控えた国土管理室のメンバーたちは、最後の時をそれぞれ大切な人と過ごすのだった…。

運命の皆既日食が始まった。逃げ惑う国民にテレビを通じて「私は人柱。でもそんな運命のためだけに命を捨てたくない！ 私に戦う時間をください!!」と語りかける紅葉。だが、奇稲田パルスを使ってスサノオと対決しようとする紅葉たちの前に、己の目的を失ったムラクモが巨大なオロチに姿を変えて襲いかかり…。

奇稲田の力でスサノオに、そして楓に語り続ける紅葉。一方、巨大なオロチとなったムラクモに単身立ち向かう草薙。だが、今や強大な力を身につけたスサノオの前に、ムラクモはあえなく絶命してしまう。紅葉の命を懸けた必死の抵抗もスサノオの前には無力なのかと誰もがあきらめかけた時、人々の心にあのメロディが甦り…。