モンスターファーム～円盤石の秘密～

ゲンキが「モンスター甲子園」で優勝し、「モンスターファーム200X」のCD-ROMを手に入れる。さっそく試してみると、なんと！ゲンキは「モンスターファーム」の世界に召喚されてしまった！そこで、ホリィとスエゾーに出会ったゲンキは、この世界が悪の権化ムーに脅かされていることを知る…。

ゲンキ達は、とある町に着くが、ムーを恐れる人々に冷たくされ、宿にも泊まれない。と、そこに、親切な老夫婦が家に招いてくれた。ゲンキはこの先の危険を案じて、モッチーを老夫婦に引き取ってもらおうとするが、モッチーは嫌がり、雨の降る中出て行ってしまう…。

ゲンキ達が森の不気味な城までたどり着き、恐る恐る中に入ると、そこには巨大な岩のモンスター、ゴーレムがいた。彼はLOST（死んだ）したモンスター達の墓を守る、心優しいモンスターだった。しかし、そこに、ムーの手下のワルモン軍団がやってきて…。

ワルモン・ジャアクソウとの攻防の末、一人を倒して、新しい円盤石を手に入れたゲンキ達。ところがそこに謎の少年アランが現れ、円盤石を奪っていった！追いかけるゲンキとモッチーだがアランの操るワームに邪魔をされてしまう。

旅の途中で野良のモンスター（ノラモン）の盗賊、「疾風のライガー」に出くわしたゲンキ達が、ガイア石を奪われてしまう。一方、「疾風のライガー」達がアジトに帰ると、ワルモン軍団が襲いかかり、ライガーの弟がムーにさらわれてしまう…。

金がなくなったゲンキ達。ライガーがモンスターバトルに出場し賞金を稼ぐことになったが、決勝戦でハムに「おなら攻撃」で倒されてしまう。その帰り道、ハムがゲンキ達にディナーをおごってくれると言う。しかし、実はそれはハムの陰謀だったのだ！

ゲンキ達はキレイな水田の村に行き着いた。しばし、なごむ一同であったが、そこにワルモン四天王の一人、ピクシーが差し向けたダークハムが現れ、池の堰を破壊し、ゲンキ達を村ごと流してしまおうとする。なんとかダークハムを撃退したゲンキ達だが、堰からは水が流れ出してしまった！

ゲンキは元の世界に戻っていた。モッチーもホリィもスエゾー達もそこにはいない…。寂しくなるゲンキだったが、それは夢だった。みんなに夢の事を話すゲンキであったが、話をしている内に、しだいにホリィの過去が気になっていく。そして雨の中、ホリィは自分の過去を話し始める…。

旅を続けていたゲンキ達の前に、巨大な谷「ヘブンズキャニオン」が現れた。そのあまり深さにぼう然とする一同。するとそこに、一台のボロ飛行機がやってきた。乗っていたのはヘブンズキャニオンの向こうからやってきた男、エディであった。

飛行機が壊れ、ゲンキ達がたどり着いた所は、ワルモン四天王・ピクシーの支配エリアだった！岩山のふもとに着いたゲンキ達そこではワルモン・マグマグミが人間達を使い、遺跡の発掘を進めていた。人間達へのひどい仕打ちに怒ったゲンキ達は…。

何とか無事に崖から這い上がってきたゲンキとモッチーは、ノースタウンへと向かった。洞窟の牢屋に行き、発掘場で働かされている人間達を解放するが、そこに再びピクシーとブルーマウンテンが立ちはだかり、決死のモンスターバトルが始まった！

久し振りに円盤石を見つけ出したゲンキ達。神殿のモンスターゲートにそれをセットすると、石柱のモンスター、モノリスが誕生し、ゲンキ達に古代モンスターファームの歴史を語り始める。その壮絶な歴史にゲンキ達は…。

ゲンキ達の前に浮遊城が現れ、ムーが行く手を阻んだ！！ゲンキ達の執拗な攻撃にも、ムーはまったく動じない！そしてホリィを浮遊城へと連れ去ってしまう。ゲンキ達は、ライガーの仲間のハヤブサに協力を頼み、ホリィを救いに浮遊城に向かうが…。

ハヤブサらと共に、ホリィを救いに浮遊城へ向かったゲンキ達。一方ホリィはムーと対峙し、じつは自分の父親がムーであることを知らされる。否定をするホリィだったが、ムーに父の思い出である短剣を投げ渡され、戦いを強いられてしまう…。

浮遊城からの脱出に成功したゲンキ達。ガイア石の指し示す方向を見ると、それは海の向こうだった。ゲンキ達は小さな港を見つけ、船を探し始める。しかし、ワルモン・ロードランナー軍に囲まれてしま、ピンチに立たされる！

ゲンキ達が乗ったツノマルの海賊船をめがけて、ワルモン・グジラが襲いかかってきた！海賊船の砲撃で一旦は撤退させたものの、今度はもっと巨大なグジコーンが襲いかかってきた！グジコーンはホリィを捕まえ、握りつぶそうとするが…。

新大陸に着いたゲンキ達は崖に覆われた入り江に到着した。崖を越えるため、モッチーが洞窟を見つけ、中に入るゲンキ達。ところがライガーとハムが言い争いをして、ハムがどこかへ行ってしまう。そこに魔人ジョーカーが現れ…。

ジャングルを歩いていたゲンキ達は、ヘンガーの腕を見つけた。「もしかしたら全身のパーツを見つけられるかもしれない」と意気込み、進んでいくゲンキ達。その目前に、未来都市（この世界では古代都市）のような街が現れる。

ハムやライガーに、「戦闘能力が低い」とバカにされたスエゾーは、ゲンキやモッチーと共に新必殺技の練習を始める。ところが、失敗ばかりでスエゾーはますます落ち込んでしまう…。と、そこへワルモン・ドクドク軍団が襲いかかってきた！！

ジャングル地帯を歩いていたゲンキ達にワルモン・ウロコゲル軍団が襲ってくる！！ピンチに立たされたゲンキ達だが、ピクシーとブルーマウンテンの協力により難を逃れるが崖下へ突き落されてしまう。ケガをしたピクシーを背負い、はぐれたホリィ達を探すゲンキの優しさに、ピクシーは心を打たれ…。

砂漠に囲まれたシルクシティにたどりついたゲンキたちは竜巻に吹き上げられ、ある古城へとたどりついた。そこにワルモン四天王の一人ガリが現れ、ゲンキたちを食事に招く。ガリはいったい何をたくらんでいるのか！？

ゲンキたちはライガーの弟のギンギライガーがワルモン四天王の一人になっていることを知った。そんな時、戦いでホリーは毒に犯される。このままではホリーの命が危ない！ゲンキとライガーは薬草を取りに急ぐが、ワルモンの刺客が執拗に彼らを襲う！！

ワルモン・モックンの軍団につかまってしまったゲンキたちを救うため、モッチーが地下に住んでいる野良モンのダックンに協力を頼む。しかしダックンは臆病でなかなかうんと言ってくれない。このままではゲンキたちがやられてしまう！？

ゴーレムが湖で出会った美しい妖精・ウンディーネ。孤独な彼女はゴーレムに「友達になって」と言い、ゴーレムは約束する。しかし、それはウンディーネの策略だった！ワルモン・ウンディーネの水攻撃がゲンキたちに襲いかかる！！

ワルモン・サラマンドラに追いかけられたゲンキ達が、ある廃墟に逃げ込むと、間一髪のピンチで何者かがワルモンを撤退させた。その正体は、ケンタウロス、シリウス、サバっトの３人のワルモン戦士達だった。果たして彼らは敵なのか、それとも味方なのか…。

雷雨の中、ゲンキ達は近くにある古代の兵器工場に入った。するとそこにワルモン・ジャガーノートが現れ、ゲンキ達に襲いかかる！しかし、一体のロボット・メルカーバがあっという間にジャガーノート達を全滅させてしまったが…。

道行くゲンキ達の前にギンギライガーの手下・ケルベロスが現れ、ライガーに伝言を伝える。ギンギライガーは兄弟二人だけで決着をつけたいと言うのだ。怪しく思ったゲンキ達は一緒に行くと言うが、ライガーは断り、一人山頂へと向かっていった。

森の中を歩いていたゲンキ達に様々なトラップが襲いかかった！ゲンキとハムがその仕掛け人を追いつめると、なんと！正体はワルモンではなく、コロペンドラだった！お互いに拍子抜けしたその時、本物のワルモン・ジハードが現れて…。

イエローリバーにたどりついたゲンキ達が川岸の小さなレストランに入ると、そこには一人の男ジムとミミニャーがいた。川を渡るためにジムにお金を払って船に乗り込むゲンキ達。船を操るジムの男らしさに父性を感じ、次第にゲンキはジムに魅かれていった…。

ジャングルの中を歩いていたゲンキ達は、象形文字の書かれたなぞの石版を見つけた。それを叩いてみると、なんと地下神殿が現れ、赤い色をしたたくさんの円盤石が！「今度こそ火の鳥かもしれない！」とさっそく再生してみるが…。

廃墟の遊園地にやってきたゲンキたちはたくさんの乗り物を見て、つい遊びに夢中になってしまう。ところがそこにワルモン・クロロマンが現れ、モッチーをさらってしまった。ゲンキたちはモッチーを取りもどせるのか！？

ゲンキたちの前に謎の商売人・ナイトンが現れた。彼はホリィの短剣に目をつけ、「火の鳥の円盤石」と交換してくれると言う。ホリィは悩むが交換してその円盤石を神殿へと持って行った。はたして火の鳥は生まれてくるのか！？

四天王ナーガの指令でゲンキ達の前にクーロン兄弟が現れる。その特殊な攻撃にひるむゲンキ達は、二手に分かれ、逃げる。しかしゲンキとモッチーは谷底に落とされてしまう。ゲンキ達が意識を取り戻すと、そこには仙人のようなモンスターが立っていた！

四天王ナーガの指令で現れたランプの巨人のようなモンスター・バジャールがモッチーとホリィ以外のみんなを壺の中に吸い込んでしまった！なんとか逃げ切ったモッチーとホリィは巨大な一枚岩の麓にあるゴーストタウンに逃げ込む…。

いよいよゲンキ達が最後の四天王・ナーガの城に向かう。ナーガはホリィとスエゾーにとって故郷のみんなを殺戮した仇だ。ゲンキ達は城の中にもぐりこみ、ナーガのいる最上階へ。ついにナーガとの必至の攻防が始まる！！

とうとうムーが本体を手にいれ、ゲンキ達を探して飛び立つ！一方ゲンキ達がたどり着いたのは雪に覆われた小さな村。そこには「鬼の日」という伝説があり、毎年一番昼が短い日に、鬼がやってきて、子供達をさらっていくという…。

ムーは本体を手に入れたことを知り、ホリィが浮かない顔をしている。それを見たスエゾーがあることを思い出した！今日はホリィの誕生日だったのだ！！ハムはみんなにホリィに内緒で誕生日パーティーをしようと持ちかける。

太陽の肌に焼かれ、衰弱したムーは東の大陸を支配していた魔将軍・デュラハンを呼び寄せ、ゲンキ達を倒すように命令する。デュラハンはエンドブリンガーを目覚めさせ、ゲンキ達を倒すように命じる。今までのモンスターとは一味違うエンドブリンガーのゲンキ達は！？

チャリオット率いるカッチュウロード軍団が襲いかかってきて、ゲンキ達は森の中に逃げ込んだ。とそこで、白い毛むくじゃらのモンスター、バクーと出会う。バクーはなぜかすごくなついて、ゲンキ達の後をついて来てしまう。

古代の遺跡跡にたどりついたゲンキたちの前にコルトという女の子が現れた。コルトが遺跡を発掘しながら、古代を研究している。そしてゲンキたちに古代モンスターファームの歴史を語る。それによると、謎だったムーの出生の秘密に関わる重要な事実が判明する！

森の中に食料を探しに行ったゲンキとライガー達に、突然、ヤクトハウンドが襲いかかってきた！しかし、その胸にワルモンの紋章はない。不信に思ったライガーが、逃げていくヤクトハウンドを追いかけて行くと、ある事実が判明する！

デュラハンによってアストロ軍団が差し向けられ、ゲンキ達がしつこく追いかけられる。洞窟の中に逃げ込んだゲンキ達は巨大な宇宙船の残骸を見つけ、その中に逃げ込んだ。しかし、そこにアストロ軍団の体調が現れ…。

おなかをすかせて森の中を歩いていたゲンキ達がりんごもどきの木を見つける。しかし、その木に実が一つしかなく、みんなが争う内に、偶然、実がモッチーの口の中に落ちてしまった！それを見たゲンキは怒りに震えるが…。

魔獣本体を手に入れたムー。しかし、合体はまだ完全ではなく、部下の分析によってガイア石の力が必要だと判明し、刺客・ガトリングブローがガイア石を狙いゲンキを追う！いくら破壊しても何度も復元するガトリングブローにゲンキ達は勝てるのか！？

ガイアをデュラハンに奪われたゲンキ達はエスゾーのテレポートでガイアを取り戻しに行こうとするが、うまくいかない。一方デュラハンとリリムはガイアを手にムーの元に行き、それを手渡そうとする。しかし、これは彼らの作戦だったのだ！！

ガイアを奪われたゲンキ達はガイアが示していた北の方向へと向かい、そこで毛むくじゃらのモンスター、ジールと出会う。一方ガイアを手に入れたムーはガイアの力を吸収し、完全な肉体を手に入れ、ゲンキ達の前に現れる！！

火の鳥の場所を隠しながら、ムーと戦うゲンキ達だったが、ゲンキがムーに捕まり、絶体絶命のピンチになるが、ピクシーやドラゴン達が現れ、ムーに攻撃する。ところがピクシーがムーに捕まり瀕死の重傷を負う。ムーへの憎しみを募らせるゲンキ。一方、ムーにはある変化が…。

暴れ狂うムーの一方で、ハヤブサがモノリスを見つけ出し、ゲンキ達の元へ連れてくる。モノリスはゲンキ達に火の鳥を目覚めさす方法を教えるが、それはあまりにも残酷な方法であった…。果たしてムーの暴走を止められるのか！？