コレクター・ユイ デジタルリマスター版 第2シリーズ

犬養博士はユイが一人で変身できるよう改良した新しいコムコンを開発するが、自分がいらなくなったと落ち込んだIRは出ていってしまう。ユイたちはIRを探しに行くが、その間にコムコンを盗まれてしまった。さらに別荘ネットに新種のウイルスが出現してシンクロも感染、駆け付けたユイたちの前に謎のコレクターが現れる。犬養博士は新種のウイルスをバグルスと命名した。

バグルスが発生したという「ほのぼの海水浴ネット」に向かうユイたち。しかしバグルスは既に謎のコレクター・アイにイニシャライズされていた。ユイはアイが盗まれたコムコンを使っているのではないかと推測する。バグルス退治で先を越されてばかりのユイたちだが、空港の飛行管制ネットが感染し、扉のパスワードが開けられずに困っているところにアイが現れた。

砂漠ネットでアルバイト中のフリーズは一人で歩く迷子らしい少女を目撃するが、バグルス感染で発生した大雨に巻き込まれ見失ってしまう。執事のような男から少女の捜索を依頼されたフリーズは尋ね人ネットに向い、コレクター・アイのことを探してもらおうとやってきたユイと遭遇。フリーズと別れた後でユイは少女を発見するが、そこでもバグルスが発生してしまった。

ユイの通うスクロール学園と、愛の通うバックスクロール学園が演劇部の合同舞台を行うことになった。ユイはけがをした演劇部長の代わりに舞台に立つことになり、愛の家で毎日のように練習を重ねる。そして舞台当日、最後の出番前にバグルス出現の知らせを受けたユイは現地に向かうが、罠にはまって脱出不可能になってしまう。それに気づいた愛は・・・。

新人マンガ大賞募集のお知らせを見たユイは、漫画家になるために応募を決意する。生活のほとんどを制作に費やすユイだったが、 締切当日になっても作品が仕上がっていない。そこにバグルス発生の連絡を受け、ユイたちは諸国漫遊時代劇ネットへ向かう。早く帰って漫画を仕上げたいユイだったが、バグルスの中心を求めて日本中を旅することになってしまう。

バグルス討伐中に軽率な行動でみんなを危険にさらしたユイはシンクロに怒られてしまう。コレクター・アイとも比較されてむくれるユイは、春菜たちから遊びに誘われるが気乗りがせず断る。ところが春菜たちが行った夏山スキーネットがバグルスに感染し極寒の環境になってしまった。ユイと通信がつながらないIRたちはユイ抜きで現地に向かうことを決意するが・・・。

女子からモテたいと思っているユイのクラスの一太郎は、春菜からアンティの恋占いネットを教えてもらい早速占ってもらう。「全身金色にしなさい」と言われ実行した一太郎は、担任のまなみ先生から熱い眼差しを受け、それを見た男子達の間で恋占いネットが大流行。男子の行動がおかしいと感じるユイは、IRたちと共に恋占いネットを訪れる。

バグルス発生の直前に水晶玉に「太陽のようなもの」が映ったというアンティの話を聞いて、ユイたちはいろいろなネットで太陽を探して回るがそれらしいものは見つからない。フリーズも出演しているほのぼのおとぎ話ネットの「北風と太陽」を見に行くが、舞台で「太陽」を演じるキャラクターが謎の少女に接触してバグルスに感染、巨大化して暴れ始めてしまう。

「明るい老後の人生設計ネット」へバグルス退治に向かうユイたちは、バグルスの中心にいる男を発見するが、ユイがバグルスに取り込まれてしまう。しかしユイは翌朝何事もなく家で目が覚め、春菜から聞いた声優オーディションを二人で受けて見事に合格、声優として成功し歌も大ヒット、ついにはドームコンサートを行うまでになった。これは果たして現実なのか・・・？

太古の森にいた恐竜のネッティーが行方不明になったとエコから連絡が入る。学校で一太郎から恐竜の幽霊を見たと聞いたユイは、一太郎たちと恐怖のドラキュラネットがあった場所へ向かうが、不気味な森の中でライオンに遭遇する。IRの助けを求めてライオンをイニシャライズしようとしたユイだったが、失敗して取り逃がしてしまった。このライオンの正体は・・・？

またもバイトをクビになってしまったフリーズは、可愛い制服に憧れて学校に行ってみたいと言い出し、レスキューと一緒に明日のためのスクールネットにある学園に入学する。フリーズに合う仕事を探すため、彼女の能力を教えてもらおうと同じ学校に入ったユイだったが、途中入学のため補修漬けに。学校で青春を謳歌していたフリーズだが、執事から謎の少女探しを催促される。

バグルスの中心がいると思われる扉を開けるため、パスワードを探すコレクター・アイとコレクターたち。しかしキーボードが苦手なユイは邪魔者扱いされてしまう。キーボードを練習したいと訪ねてきたユイを犬養博士はコムネット開発の中心人物だった篠崎晋太郎の墓参りに連れて行くが、そこで愛と出会う。ユイは愛にキーボードを教えてもらえることになった。

愛がコレクター・アイなのではないかとユイは疑うが、決定的な証拠は見つからない。そんな中、ハリセンネットでハリセンではなく武器が使われて騒ぎが起きているとの知らせが入る。ピースに似た人物が武器を配っていたとの情報があり、ユイたちはピースのところに向かうが不在だった。さらにロボットバトルネットでも同様の事件が起き、ユイたちは急ぎ現場に向かう。

くつろぎの里山奥温泉ネットにある「ひまわり温泉」がバグルスに効くらしいとシンクロに言うフリーズ。元の姿に戻れるかもしれないと思うシンクロだったが、ユイたちとひまわり温泉に来てみるとフリーズがバイトで旅館の女将をやっていた。まんまとフリーズに乗せられたと気づく一同だが、せっかくなので温泉を楽しむことに。果たしてシンクロは元に戻れるのか？

学校の遠足で世界一周ネットに来たユイたちはハワイを満喫するが、手違いで着替えを見られてしまったレイコは怒り出し、男女が仲違いするようになってしまう。けんかをやめてと泣き出す謎の少女をなだめるため、レイコと一太郎は彼女の「お使い」を手伝うことに。その中で二人は仲直りするが、ユイたちと別れたくないと泣く謎の少女がバグルスを生み出してしまう。

春菜の家で勉強を教えてもらっていたユイはIRからバグルス発生の連絡を受け現場に急行、巨大な虫のバグルスをイニシャライズするが、バグルスの中心のイニシャライズに失敗して石になってしまった。犬養博士によれば20時間でユイの身体は完全に石になってしまうと言う。話を聞いた春菜は自分がコレクターとなりバグルスの中心をイニシャライズすることを決意する。

ネットで知り合った大学生の里見浩介に恋をしたユイは、５時からなんでもスポーツネットで浩介とスポーツを楽しむ。ユイがだまされてるのでは？と疑う一太郎たちは、浩介が病院からアクセスしていることを突き止める。浩介はプロサッカー選手を目指していたが、交通事故でケガをしてしまっていたのだ。浩介を勇気づけるため、クラスメートもスポーツネットに参加することに。

謎の少女が絵本の登場人物であることをユイは皆に伝える。コムネット総合図書館の館長になったジャギーからメールをもらい、図書館を訪れたフリーズだが、そこにユイと春菜も絵本を探しにやってくる。しかし検索をしてもそれらしい絵本は見つからない。そこに謎の少女が現れフリーズが保護するが、直後にバグルスが発生、図書館は大混乱になる。

ユイと春菜は絵本があったという愛の母の病室を訪れ、愛に少女のことを聞こうとするが拒絶されてしまう。バグルスの研究をするウイルスは、バグルスの中に共通する成分があると犬養博士に報告する。アンティはひまわりで謎の少女をおびき寄せようとイベントを企画、やってきた少女が泣き出すとバグルスが発生した。迷子の少女の涙こそ、バグルスの発生源だったのだ。

自分がコレクターであることを愛に明かし、協力を求めるユイだが話を聞いてもらえない。ユイと父は３Dレッスルネットでバトルに熱狂するが、チャンピオンがピンチに陥ったときにバグルスが発生し試合は無効に。再試合でもまたチャンピオンが負けそうになるとバグルスが発生し、ユイたちはチャンピオンのマネージャーに疑いの目を向ける。

レッスルネットで発生したバグルスは偽物であることが判明し、マネージャーに小瓶を渡した執事が指名手配される。執事はフリーズを連れて逃亡、フリーズに疑いの目を向けたコレクターたちだが、フリーズの能力がコンピューターウイルスの探知で、そのため執事に利用されていたことが判明する。ユイたちはバグルスに感染し自我を失ったフリーズと対峙するが・・・。

少女が執事に連れ去られたことを聞いた愛は一人で少女の行方を捜すが、コムネットに長時間滞在した影響で倒れてしまい病院に搬送される。一方フリーズは病室から抜け出しウェスタンネットで執事を発見するがバグルスを発生されてしまい、ユイたちと愛が現場へ向かう。何とかサボテンのバグルスを退治したコレクター３人だったが・・・。

修理を完了したクマのぬいぐるみから、ユイと犬養博士は謎の少女の正体が「iちゃん」というメールソフトだと聞かされる。事件の黒幕が「iちゃん」を捕らえてバグルスを作りだしていたのだ。一方、意識不明のままの愛の心にバグルスが侵入、危機的な状態を救うためユイは愛の意識の中に入り、二人で過去の記憶をたどって行く。きっかけは過去に起きた愛の母の事故だった。

愛の意識が戻り、一同はアンティから今回の事件の報告を聞く。半年前に愛の母が巻き込まれた事故は、コムネットの破壊を企む犯人が「iちゃん」の涙を使って起こしたバグルスによるものだった。犬養博士はユイが「iちゃん」をイニシャライズするべきだと言うが、ユイは愛の気持ちを思い断ってしまう。そこに強力なバグルス発生の連絡があり、ユイと愛は一緒に戦う決意をする。

三組に分かれてバグルス退治に向かうコレクターたちだったが、バグルスの繁殖スピードにイニシャライズが間に合わず、現実世界にも影響が出始めてしまう。ユイたちはバグルスの中心である「iちゃん」を先にイニシャライズする作戦に切り替えるが、そこにバグルスに取り込まれた執事が現れた。どんどんウイルスを取り込み強力になる執事にユイたしはどう立ち向かうのか。

バグルス事件の犯人・黒川はコムネットの設計を巡って犬養博士らと対立し開発から外されていた人物で、自分の理想のネットを作るためコムネットを破壊しようとしていたのだ。最後の戦いが始まるが、黒川はバグルスに感染したコレクターズを盾にユイたちを圧倒、巨大化した黒川にユイが捕まってしまう。そこに犬養博士から、黒川についての衝撃の真実が明かされた・・・。