ブラック★★ロックシューター DAWN FALL

労働力の大幅な自動化プロジェクトが失敗し、人工知能が人類との戦いを選んだ末、荒廃した二十年後の地球。とある地下研究施設で、ひとりの少女、エンプレスが目を覚ます。

山の街に到着したエンプレスは、ノリトに近くにある病院跡地から必要な物資を持ってきてほしいとお願いされる。だが、そこにはとても危険な『ハチの巣』があったのだ。

カルト集団＜教育機関＞から逃げ出した少女、モミジを助けたことにより、エンプレスらはとある儀式のために移動中の教育機関の装甲列車から、モミジの仲間を助けに行く。

エンプレスたちは増援部隊のボルトから軌道エレベーター完成までのタイムリミットが、あと一ヶ月であることを聞かされる。そこへまたデッドマスターが現れて攻撃する。

ノリトから助けを求められるストレングス。そこへ彼を追う教育機関の兵士らが現れる。攻撃を受け本能的な危機を感じたストレングスは、みずからアームを強制パージするが……。

教育機関に拉致されたミヤを助けるため、ストレングスとノリトは敵の陸上空母内へ突入した。そこでアルテミスの化身、ルナティックと遭遇する。

教育機関との戦いで故障したブラックトライクから、自己修復できないとの訴えがあった。エンプレスたちは修理に必要な希少部品を集めるため、平和構築軍記念図書館へ向かうことに。

エンプレスたちは軌道エレベーターへ向かうため、漁師、イサナの船で鉄海を走行中。イサナと出会ってから、どこかモニカの様子がおかしいことに気づいたエンプレスは……。

エンプレスが目指していた場所、孤児院「ライトハウス№８」。孤児院とは別の場所にあった同名ラボで記憶媒体を見つける。そこにはある人物からのメッセージが残されていた。

教育機関と平和構築軍との戦いが続く「ライトハウス№８」のラボ。その調整室では大佐がシャーロットに襲われ、トドメを刺されようとしていた。そこへエンプレスが現れて！

偵察部隊から想定外の連絡が入る。それでもなおエンプレスを軌道エレベーターの間近まで送り込み破壊する作戦の決行を全軍へ伝える大佐。決戦前夜、束の間の休息。

ドローン軍隊と平和構築軍の死闘が続くなか、エンプレスは最後まで自分の意志を貫くことをルナティックに告げる。しかし軍はほぼ壊滅状態。起死回生の策はあるのか……！？