クジラの子らは砂上に歌う

砂刑暦93年。果てのない砂の海を漂流する漂泊船「泥クジラ」で暮らす人々がいた。その生活を記録する少年チャクロは、半年ぶりに辿り着いた廃墟船で、衰弱した少女リコスを発見する。

チャクロは感情のない兵士“アパトイア”であるリコスに、泥クジラで暮らすよう薦める。だが、「飛蝗現象」が泥クジラを包んだ翌日、不穏な来客が姿を現す。

突如として襲来した“帝国”の感情無き兵士“アパトイア”たちに翻弄され、次々と倒れゆく泥クジラの住人たち。オウニ率いる“体内モグラ”や自警団の面々は、サイミアを使って反撃を開始する。

新たな首長に任命されたスオウ。彼は長老会から、泥クジラの秘密を知らされ動揺を隠せない。かつてない泥クジラの危機に、チャクロがとった行動とは――。

チャクロが泥クジラの地下で見たのは、泥クジラの心臓と言える魂形（ヌース）・ファレナだった。長老会は、ヌースを攻撃して泥クジラを沈めようとするが、チャクロたちは抵抗する。

泥クジラの面々は、無抵抗に船を沈めるのではなく、帝国軍との戦いを決意する。戸惑いと緊張に包まれながら準備を進める中、オウニは外の世界に憧れた過去に想いを馳せる。

予告通り、帝国軍の戦艦スキロスは泥クジラに襲来。激しい戦闘が続く頃、チャクロやオウニたちで編成された突撃部隊は、スキロスへの潜入を試みる。

多くの犠牲を払いながら、チャクロら突撃部隊は戦艦スキロスの中枢であるヌースの間に辿り着く。その頃、帝国軍の攻勢に苦しむ泥クジラでは、帝国兵リョダリと泥クジラ自警団団長のシュアンが対峙していた。

スキロスのヌースの間で、司令官アラフニと対峙する泥クジラの突撃部隊。オウニとニビは、サイミアが使えないヌースの間でも優れた連携を見せ、帝国兵を打倒していくが……。

戦艦スキロスの崩壊により、帝国軍と泥クジラの戦いは一旦終結した。大きな犠牲を出しながら、穏やかな日々を取り戻そうとする泥クジラの前に、スキロスとは異なる戦艦が現れる。

スキロス崩壊の責任を問うため、司令官のアラフニと、作戦の総指揮者オルカが帝国軍の上層部に招聘される。ふたりには極刑が下る予定であったが、オルカの反論が風向きを変える。

ついにもたらされた泥クジラと印、無印の真実。動揺、怒り、様々な感情が広がる泥クジラで、首長であるスオウが下した決断とは……。