時は1987 年――ジョセフ・ジョースターと柱の男たちとの死闘から49 年後…。
ジョセフは「悪霊に取り憑かれた」という孫・空条承太郎に会うため、極東の地・日本を訪れる。そして承太郎に対し、悪霊――「幽波紋（スタンド）」が突如発現した原因を語る。それは、100 年に渡る長き眠りから目覚めた吸血鬼・DIO と、ジョースター家の忌まわしき因縁によるものだった。さらに、DIO のもたらした悪影響によって倒れ伏す承太郎の母・ホリィ。承太郎は母を救うため、全ての元凶にして邪悪の化身であるDIO を打倒すべく、仲間達と共に旅立つ…。