ゲーム好きの高校生「武藤遊戯」が、ゲームショップを経営する祖父から古代エジプトより伝わる誰も説いたことがないという「千年パズル」をもらう。苦労の末に、千年パズルを解いたことで目覚めた「闇の力」。千年パズルが輝きだす時、闇に眠るもう一人の遊戯が現れた!遊戯の中のもう一人の遊戯…。新たなデュエルが今、始まる!

伝説のデュエリスト武藤遊戯と、永遠のライバル海馬瀬人との出会い。そしてデュエルモンスターズの生みの親であるペガサスが開催した"決闘者の王国(デュエリストキングダム)"…。すべのでデュエルの原点がここにある!