199X年、世界は核の炎に包まれた。海は枯れ、地は裂け、あらゆる生命体は絶滅したかに見えた。しかし人類は死に絶えてはいなかった。…そして世は再び暴力が支配する時代へと移り変わる。
一子相伝の暗殺拳・北斗神拳の伝承者ケンシロウは、自分の胸に7つの傷をつけ、恋人ユリアを奪い去ったかつての親友・シンを探し放浪していた。道中、立ち寄った村で出会ったバットとリンとともに旅を続けながら、KINGという男、サザンクロスという街の存在が明らかになっていく!!

世紀末の荒廃した世界を舞台にそれぞれの宿命を背負った男たちがケンシロウの前に立ちはだかる。そして自らを世紀末覇者・拳王と名乗る北斗の長兄・ラオウとの対決!
神が選ぶのは果たして…