魔法。
それが現実の技術として確立されてから約一世紀が過ぎていた。
国立魔法大学附属第一高校、通称“第一高校”に
とある兄妹が入学する。
魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄・達也。
すべてが完全無欠な優等生の妹・深雪。

二人の学生生活は激動に次ぐ激動の日々だった。
政治結社《ブランシュ》の襲撃。
九校戦への香港系国際犯罪シンジケート《無頭竜ノー・ヘッド・ドラゴン》の介入。
大亜連合軍の横浜への侵攻。
人の精神に取り憑いて変質させる魔物パラサイトの出現。
そしてUSNA軍魔法師部隊スターズ総隊長アンジー・シリウスことアンジェリーナ＝クドウ＝シールズの来訪。

波乱に満ちた一年が終わり、二年生になった二人の生活も少しずつ変化する。
四葉家から使わされた桜井水波が達也たちと同居することになり、
達也は新設された魔法工学科、通称《魔工科》に転科する。
深雪と共に平穏な学園生活を送るはずだったが
それを世界が許すはずもなく…。
そして、──波乱の日々が、再び幕開く。